此人出生于台湾省高雄市，学生出身，当过教员、税务局职员和警察。
1948年4月，段毓奇从台东警局调进保密局任职。
最初，他在台湾竹东保密局分部任电台报务员，1949年蒋氏父子率国民党残兵逃台后，段毓奇由于精明强干，又有多年从警的经验，曾奉命参加台中市国民党的区分部工作。
后来在推动军中政战教育时成为骨干分子。
得到了保密局郑介民等人的青睐。
1953年以后，段毓奇经郑介民引荐，结识了当时的台湾省主席陈诚，并受到陈的重视。
1954年起调入国民党保密局三处供职。
次年，段毓奇升任国民党保密局下属的特别行动组副组长，这个小组就是直接管束张学良和赵四小姐的特别行动机构，也就是从前戴笠在世时的军统局特务队的演变组织，直接隶属国民党政战部，具体指挥者是蒋介石的儿子蒋经国。
段毓奇刚进入这个特别行动组初期，刘乙光仍然兼任组长，他的军衔还保持在少将军阶之上，而段毓奇的到来，无疑起到给这支看管张学良的特别行动队派来了接任人。
这与张学良多次请求将刘乙光调开有关。
段毓奇奉命来到竹东特别行动组的时候，正是刘乙光和张学良关系比较紧张的时期。
其时刘乙光已在张学良身边二十多年，他不但厌倦了这无休止的看管生涯，而且刘乙光老婆的疾病也越来越严重。
在这种情况下，刘乙光也恨不得早一天离开。
于是在1962年，国民党保密局在张学良和刘乙光双双申请的情况下，经蒋经国首恳，提升段毓奇为特别行动组的组长，接替了刘乙光。
段毓奇继任后，一改从前刘乙光时期的管理作风。
蒋经国那时已就任国防会议副秘书长要职，他曾经几次召见段毓奇，要他对张学良和赵四小姐要客气一点。
那时因有蒋经国主张改善看管的吩咐，所以段毓奇一来就改善了对张、赵的态度。
段毓奇接替刘乙光后，他对张、赵两人的人品格外敬重。
特别对赵四小姐的管束更为宽松，尽管段毓奇也将妻子和子女带在身旁，但他决不许自己的妻子儿女去干扰张、赵两人的生活。
自家另起炉灶，决不肯多吃宋美龄、蒋经国等一些国民党要人给张、赵送来的礼物和食品。
这样一来，彼此的关系相处得十分融洽。
段毓奇用他自己的话说：凡是张学良和赵四小姐提出要办的事情，只要从前有惯例的，我一概照从前的处理，决不设卡或掣肘；如果从前没有先例的事情，我也要请示后尽量满足于他们；实在办不到的，我也要耐心地解释。
尽量搞好关系。
从中不难看出段毓奇对他负责看管的阶下囚敬重的态度。
与刘乙光大有天壤之别！段毓奇虽是第二任看守长，但他对张学良和赵一荻，待之如亲人。
有时他甚至让自己妻子下厨为他们夫妇烧菜，然后请过来一同进餐。
与刘乙光在任时张、赵二人一旦改善生活，必将他们的老少七口人全都赶上桌子抢肉吃的情景，形成了明鲜的对比。
这对步入晚年生活的两位老人至少有了精神的补偿。
但是，谁也没有想到，像段毓奇这样通情达理的看守长，竟会在监管张学良和赵四小姐期间，发生一起意想不到的冤案。
1980年10月20日深夜12时，几辆警车呼啸着从台北市区疾驶而出，不久即驶进了距阳明山不远的北投复兴岗。
由于这里幽禁着一位特殊人物，所以，多年来一到入夜时分，此地就很少出现行人与车辆。
在那幽幽的街灯下面，随时可见便衣的身影在晃动。
当时，住在复兴路70号的张学良和赵一荻虽然还没有自由，可是像警车进宅这种情况还是不多见的。
因为他们身旁始终有国民党保密局和安全局派出的便衣特务日夜负责监护。
既然如此为什么这天深夜忽然驶进几辆警车？不久，警车上跳下的军警杀气腾腾冲进了张、赵居住的小楼，楼下警卫室里传出一阵阵叫骂声，住在楼上的张学良和赵一荻从梦中惊醒，不知楼下究竟发生了什么事情。
须臾，军警们从警卫室押出一个人来，他年纪已近六旬，是位两鬓斑白、处事稳重又有资历的老警卫。
他被一群凶煞军警推推搡搡地押上了警车，然后关押进国民党国家安全局的地下室里。
他就是张学良的第二任看守长段毓奇。
段毓奇自关进监狱以后，多日无人提审。
尽管没有宣布他所犯罪行，可是他却从国安局对他突然采取的强制措施上，看出此事必与他的儿媳妇、著名旅美作家陈若曦有关。
陈若曦1938年出生在台北市，从小家境清贫。
但她学识优异，从小学到大学都是高材生。
1959年陈若曦在台湾大学外语糸就读期间，在一个偶然的机会里，结识了同在该校就读的段毓奇之子段世尧。
陈、段两人一见钟情，不久即建立了深挚的友情。
1962年秋天，从台大毕业的陈若曦和段世尧双双飞赴美国加州大学，在美国期间两人由友情发展成爱情。
陈若曦在美国和段世尧结成夫妻后，她才从丈夫口中渐渐了解自己的公公段毓奇，原来他在执行着一项监管张学良及妻子赵一荻的秘密任务。
对少帅和赵四小姐心仪多年、敬仰有加的陈若曦，希望能有个面见张、赵伉俪的机会。
但是，那时即便段世尧出面，请求他的父亲段毓奇，此事也实难办到。
60年代蒋介石仍然在世，他对张的管束始终没有放松。
任何人不经蒋氏父子的首恳，都不可能见到张、赵夫妇。
对于爱妻陈若曦这一请求，段世尧劝她暂且不提，待时机允许的时候，他一定请求其父从中玉成。