至于工会问题曾将他置于矛盾与机遇并存的处境中，麦克纳尼不认同其前任哈里・斯通塞弗带有谈判色彩的做法，并找到了一个解决办法―一个绝妙的办法。
斯通塞弗独断专行的管理方式激起了很多工程师的愤怒。
2000年的那场为期40天的工程师罢工中，工会成员们站在警戒线边上，靠近一个写有哈里的办公室的便利厕所。
工人们认为斯通塞弗的领导风格就是赤裸裸地建立在权力对话和威胁的基础上，曾任航空航天专业雇员协会（SPEEA）主席的查尔斯・博福丁（Charles Bofferding）说道。
这家工会代表着22 000名波音公司及其他公司的工人。
在麦克纳尼担任CEO几个月以后，博福丁有机会了解到麦克纳尼是否会继续其前任的老路，还是采取不同的方法。
麦克纳尼与博福丁在2005年11月与波音802的工程师们谈判。
在谈判期间，博福丁给麦克纳尼发送了电子邮件，此时麦克纳尼上任刚满5个月。
博福丁在邮件中询问，波音公司谈判代表们接受或拒绝的做法是否符合麦克纳尼对新波音公司设立的愿景。
博福丁很快发现，答案是不。
当谈判继续时，博福丁惊讶地发现了谈判语气的变化。
他回忆一个谈判代表说，我真的很想听听你要说的。
协议结果是，麦克纳尼表示他要找到一种对波音公司和工会都有利的解决方案。
在博福丁看来，麦克纳尼不是一个夸夸其谈、强求结果的人。
他是个讲求效率、扭转局势按照正确方向发展的人。
在SPEEA劳资谈判事件中，在麦克纳尼的协助下，2005年12月，波音公司同意将为其在堪萨斯州威奇托工作的工程师的年薪提高4%。
该协议避免了一场罢工，否则很可能在刚刚结束的为期一个月、延误了20亿美元订单的机械师罢工之后，发生再次罢工。
麦克纳尼正确运用权力使波音公司和员工获得双赢的结果彰显了他的领导风格。
在麦克纳尼接任波音公司CEO 6个月后，他与SPEEA合作，为波音公司的股票价格带来了9%的提升。
由于没有继续拖延谈判，并采取了加薪措施，这为实现波音公司未来的收益除去了一个隐患，并为麦克纳尼与工会之间建立有效的工作关系打下了基础，这能避免或延缓未来的罢工斗争。
由于飞机制造业属于资本密集型行业，麦克纳尼意识到他需要特别关注如何满足另一个群体的需求，这个群体就是那些华尔街分析师，他们作出关于是否要买入或卖出波音公司股票的推荐，他们还将波音公司的事迹传达给投资者。
麦克纳尼希望加速波音公司的盈利速度，以回报那些对他很有信心的分析师，也给其他人以鼓励。
与SPEEA达成协议对此很有帮助。
例如，美林证券的拜伦・卡伦（Byron Callan）曾预测，在麦克纳尼接管波音公司CEO职位后，波音的股票等级为中等。
然而，在任命麦克纳尼的当天，卡伦提高了波音股票的等级，并鼓励人们买入，他认为任命麦克纳尼会产生更高的收益。
此建议很快使波音公司的股票价格上涨了7%。
但是卡伦认为智力资本和技能对于波音公司的长期成功很关键，麦克纳尼与工会组织的商谈会决定他能否管理好这种资本。
对麦克纳尼主持下的波音公司以更快速度获得盈利增长的判断及对股票买进评级的推荐，给卡伦带来了投资价值早期识别者的声誉。
尽管卡伦认为麦克纳尼的行事方式和从通用电气出来的人差不多……他们经营企业以数字说话，但他同时也清楚地看到了波音公司前方的巨大挑战。