杰斐逊设想禁运能起两个作用，一是让美国海员不再出海，一是让英国经济陷于困境从而迫使它改变它的海军的行为。
杰斐逊觉得禁运没有什么缺点——英国人会很快认识到他们离不开从美国进口的物资，因此会老老实实克制他们欺负美国人的行动。
杰斐逊写道：我们的商业对于他们(欧洲交战国)太宝贵了，而我们要求的代价只是公正对待我们，他们会乐意照付的。
现实却并非如此简单。
国会很快通过了禁运法令，它的目的是要保持美国民众的安全，可是恰恰是美国民众马上对这一举措是否明智产生了疑问。
法令刚一通过，各港口城市的人就急急忙忙抢先把商船弄出海。
凡是有点力气的人都被出口商雇来搬货装船。
有的船来不及装货，就空船出海，指望到别的什么地方能找到货物，因为一等禁运实施，船舶就只有停在港内毫无用处。
海员们感到恐慌，禁运会使他们失业，这比冒险出海更糟。
商人们抢运货物，有什么运什么，他们估计外国人会认识到这是最后一批货了，可以抬高价格发意外财。
禁运一实施，立即引起灾难性后果，不是英国人遇到灾难，而是让美国人遇到灾难。
海港关闭，3万多海员失了业。
新英格兰地区的经济几乎是完全依赖外贸，外贸一停，经济就陷于停顿。
纽约的各个港口一向是忙忙碌碌，进口和出口的棉花、羊毛、粮食、茶叶、糖、酒等等堆积成山，如今却空空荡荡，变成了鬼城。
禁运不但毁了航运公司，也毁了那些依赖外贸的各种经纪商和保险商。
港口附近的零售商店再也没有顾客了。
人来人往的热闹景象消失了。
为了让失业的人有点事做，一些大城市启动了各种公共工程。
在费城，商会让水手们搓缆绳。
更糟的是，禁运促使商人们到处找空子钻。
有些人把货物悄悄运到美国和加拿大边境上的尚普兰湖，从那里出境，迫使杰斐逊派兵去切断交通。
又有人往南到佛罗里达打主意，杰斐逊只好又往南派兵。
为了继续做生意，商人们挖空心思，纷纷走私，逼得杰斐逊投入巨大人力物力来实施新的法令。
美国人想要钻空子绕过禁运，杰斐逊不得不到处堵漏洞。
最初，禁运只针对外贸，但允许商船沿东海岸航行，在各州之间运送货物。
有些航运商就向海关申报虚假终点港，把船装满货物后，一出港就不知去向了。
为此，杰斐逊下令禁止一切沿海航运，这样一来，却使得不少地方食品供不应求。
在一些地方，人们急需面粉、肉和糖，却无处可买。
在另一些地方，大量食品堆在码头上运不出去，直至霉烂。
本来是食品丰富多产的美国，却弄得一些地方挨饿。
杰斐逊只好稍做让步，授权各州的州长给国内航运发放特别许可证，但只能发给州长完全信得过的船主。
可是州长们很快就顶不过当地商界的巨大压力，让一些人骗取许可证，对违法现象睁一只眼闭一只眼。
在一些大港口出现了倒卖许可证的地下买卖。
杰斐逊试图整治，但结果是他自己不得不亲自逐项审查这方面的申请，苦不堪言。
杰斐逊自己也有失误的时候：一个名叫约翰·雅各布·阿斯特的皮毛商从德意志到美国，想发财。
他伪造了一个莫须有的中国贵族的信，说是那贵族要租用一艘船搬家回中国，请总统特批。
杰斐逊想改善与中国的关系，就批准了。
那艘船装满了一箱又一箱的行李启航了，到中国港口卸货，再装满了中国货返回美国。
禁运使物价飞涨，阿斯特这么来回一倒腾，就发了大财，由一个小皮毛商变成了金融大亨，显赫了好几代人。
奸商们发现的漏洞越多，杰斐逊被迫撒下的网也就越广。
后来，他把禁运扩大到了马车和雪橇等等一切能运送货物越境的运输工具。
禁运对国家经济的影响是惊人的。
一年之内，美国出口总值下降了将近80%(从103亿美元降到亿美元)。
进口总值下降了将近60%(从亿美元降到亿美元)，而走私货即使按最保守的估计也超过600万美元。
进出口税收从1600万美元降到了几十万美元。
全国失业的海员共达5万人，其他失业者达10万人。
仅纽约市一地，因欠债入狱者就有1300人，其中1150人的负债额仅仅是在25美元以下。
南方有些州制定了法律限制债权人逼债，因为陷于破产的种植园太多了。
报界对禁运怨声载道。
一位历史学家写道：如果说禁运让英国出血，或让法国出血，那么美国出血更多。
英国没有屈服，反而更硬气了，许多城镇都兴办起制造业。
英国商人还在西班牙开辟了新的市场。
杰斐逊感到沮丧。
在他1808年的国情咨文中，他呼吁人民克服困难，尽最大努力支持禁运。
他承认外贸的暂停给美国公民带来损失和牺牲，值得关切，但仍恳求美国民众让禁运有一个成功的机会。