任职左拾遗与流亡时期，从肃宗至德元年（756年）至乾元二年（759年）。
安禄山起兵后，杜甫听说唐玄宗逃往西蜀，肃宗在灵武即位，于是便把家属安置在城北的羌村，自己一人北上投奔灵武，不幸的是被当时的叛军截获并送往长安。
杜甫被困半年之久，看到京城的荒凉，又听到唐军两次反攻，但先后在陈陶、青坂全军覆没的消息，悲愤之下写出了《春望》、《悲青坂》、《悲陈陶》、《哀江头》等诗。
至德二年（757年）四月，杜甫冒着生命危险逃出长安，奔赴肃宗的临时驻地凤翔，官任左拾遗。
不久又因触怒肃宗而遭到审讯。
当年8月，他在探视妻子时完成了长诗《北征》，描绘了旅途上的凄凉和贫穷的家境。
9月，唐军收复长安，一月后又收复洛阳，肃宗在十月底返回京城，杜甫陪同回到长安，仍担任左拾遗。
次年的五月，杜甫受肃宗新贵与玄宗旧臣相斗的影响而被外调为华州司功参军，从此与长安永别。
乾元二年（759年）春，杜甫到河南探视旧居，回来的路上亲眼看到百姓遭受官吏的残酷压迫，写出了著名的《新婚别》、《无家别》、《垂老别》、《新安吏》、《潼关吏》、《石壕吏》组诗六首，后人简称为三吏、三别。
杜甫回到华州时已是初夏，此时朝廷内李辅国专权，杜甫对政治很失望，于立秋后弃官前往秦州。
他在秦州呆了不满4个月又前往同谷，在同谷停留1个月后走上艰难的蜀道，并于年底到达成都。
漂泊西南时期。
从肃宗上元元年（760年）到代宗大历五年（770年）的11年内，杜甫在蜀中生活了8年，在荆、湘居住了3年。
杜甫在《咏怀古迹》中称自己漂泊西南天地间，实际他在成都先后住过5年，生活还算安定。
上元元年（760年）的春天，杜甫在成都城西浣花溪畔建了一所草堂，结束了4年的流离转徙生活。
上元二年（761年）末，严武来成都担任成都尹兼御史中丞时，曾给杜甫许多帮助。
代宗宝应元年（762年），严武应召入朝，成都少尹在成都叛变，杜甫流亡到梓州、阆州。
广德元年（763年）春，延续了七八年的安史之乱结束。
杜甫听到这个消息后，惊喜欲狂，认为有希望重回洛阳，于是脱口唱出了七律《闻官军收河南河北》，这也是杜甫生平最快乐的一首高歌。
但国内混乱的局面还没有彻底结束，西方的吐蕃又大举入侵，十月间一度攻陷长安。
杜甫对此表示出了无限的关切，在《早花》中写道：西京安稳未？不见一人来。
广德二年春，严武被任命为成都尹兼剑南节度使，杜甫在当年三月回到成都。
严武举荐其为节度参谋、检校工部员外郎。
杜甫虽然在成都节度使幕府中住了几个月，但不习惯幕府生活而一再要求回到草堂，最后严武同意了他的请求。
永泰元年（765年），严武突然病故，杜甫失去依靠，只得在当年五月率家人离开草堂，乘舟东下，他在《去蜀》中写道：五载客蜀郡，一年居梓州，结束了漂泊西南的前半个阶段。
当年9月，杜甫到达云安，当时因患病无法继续前行，直到次年的暮春病势减轻后才迁往夔州。
他在夔州居住了2年，创作了400余篇诗作，占其一生诗作的2/7。
诗中的内容多是歌咏夔州穷苦的劳动人民，描绘险要的山川，反映蜀中的动乱和对长安、洛阳的思念，怀友忆旧之作较之以往增加了不少。
此时杜甫的健康情况越来越坏，疟疾、肺病、风痹等不断缠绕着他。
由于夔州气候恶劣，朋友又少，杜甫便在大历三年（768年）的正月起程，2个月后到达江陵，本想北归洛阳，但因河南兵乱，无法成行，只得在江陵住了半年，在公安居住了几个月，年底到达岳阳，并创作了反映湖南人民疾苦的《岁晏行》。