在北京，有许多祭祀药王的庙宇。
据《乾隆京城全图》记载：在老北京城内、城外有大小十多座药王庙，分别建在东直门内、西皇城根、旧鼓楼大街北、崇文门外东晓市街、海淀黄庄、西便门等处，大多为明清年间建造。
在众多庙宇中，以东直门内的小药王庙(又叫东药王庙)、地安门外西步量桥的西药王庙、崇文门外东晓市的南药王庙和安定门内的北药王庙最为著名。
(一)东药王庙会东药王庙在原东直门内大街北侧，属积庆坊。
据明代沈榜的《宛署杂记》记载：该庙为万历三年太监冯保建，上赐额普济药王庙，内庭施药于此。
清代吴长元在《宸垣识略》中写道：福世药王庙在东直门内街北，明万历有御制碑。
这都证明东药王庙是在明初建造的。
东药王庙原庙较大，有山门一座，两旁各有一座角门，山门上书敕建福世普济药王庙；门内是天王殿，面阔三间，宽10米，进深8米；殿前立有螭首方座石碑，通高43米，上面有敕建福世普济药王庙碑铭几个大字。
据史书记载：该庙的前殿曾供奉释迦牟尼像；中殿为药王殿，供奉着伏羲氏、神农氏、张仲景、孙思邈、扁鹊等一代名医；后殿是两层楼式的佛殿，供奉着观世音菩萨、眼光娘娘、送子娘娘的神像。
药王庙属道教庙宇，虽然面积不大，但香火很盛。
相传每年的农历4月28日是药王圣诞，庙内要举行盛大的药王会（庙会）。
届时，赶庙会者摩肩接踵，众多香客到庙内烧香，大量小商贩在庙内外卖酸梅汤等清凉饮料。
民国年间，东药王庙逐渐被人们冷落。
解放前夕，庙内只有白贤珍道士一人。
解放后，东药王庙的山门和各殿都还存在，但万历碑已失去下落，刻有敕建福世普济药王庙等铭文的大钟也移至大钟寺古钟博物馆陈列。
(二)西药王庙会西药王庙是明代宦官魏忠贤建造的，在《渌水亭杂识》中曾有这样的记载：天启中，魏忠贤所建也，落成时帝加奖谕，赐赉甚厚。
它位于地安门外海子西侧，紧临西步量桥（俗称西压桥）。
药王庙原有山门、药王殿及配殿。
正殿（药王殿）面阔三间、宽92米、进深78米，殿内供奉着药王孙思邈。
殿前有吞廊和明万历二十四年(公元1596年)《药王庙记》石碑，其现存于五塔寺石刻博物馆。
乾隆二十四年（公元1759年），西药王庙重新修缮，殿上悬挂着清高宗乾隆皇帝的亲笔书匾额利益群生四个大字。
坐东向西，东面紧临什刹海、万柳沿堤，风景优美。
每年的开庙之日都会有大量游客前来，进庙烧香者众多，做小买卖的、游玩者也不少。
随着岁月的流逝，目前西药王庙已经失去了踪迹。
(三)北药王庙会北药王庙坐落在旧鼓楼大街北部的西绦胡同，坐北朝南，东面是大觉寺、娘娘庙等古刹。
庙的规模不大，只有山门和正殿，庙内有清顺治年间大学士洪承畴书写的两块石碑。
这在《宸垣识略》中略有记载：明嘉靖中建，有本朝顺治间大学士洪承畴碑二。
北药王庙的规模和知名度较小，但每年农历4月28日举行药王圣诞时依然会形成小规模的庙会，庙会上的小贩大多卖日用品和妇女用品。
据清朝的《燕京岁时记》记载：……北药王庙在旧鼓楼大街，自正月起，每朔日、望日有庙市，市皆妇女零用之物，无甚可观。