从此向南就进入了第二进的太和元气坊，进入之后，迎面是三米多高的孔子铜像，像后是一个小泮池。
然后是下马碑，从这里开始就进入第三进的礼门、义路坊、洙泗渊源坊，一直到前月台广场。
第四进从洙泗渊源坊到棂星门，在横向上对称分布着贤关近仰、圣域由兹、德配天地、道冠古今四座牌坊。
棂星门东西两侧是碑林，其间立有数十通石碑，它们大多是明清重修文庙情况的记载。
从棂星门至大成门为第五进，棂星门的四根中金柱穿屋而出，柱顶上罩有明代盘龙青花瓷罩，这种建筑形式在文庙中是很罕见的。
在第五进的庭院正中，是为了纪念孔子而建的杏坛，其屋瓦为黄色琉璃瓦，内用斗八藻井，并且彩绘着规格很高的金龙和玺，坛内立有明代的孔圣弦诵图石碑。
在杏坛左前方是奎星阁；左后方为名宦祠、金声门；右后方是乡贤祠、玉振门。
其中奎星阁、文昌阁内供奉着奎星星君和文昌帝君，乡贤祠和名宦祠内供奉着建水古代的名绅、贤士。
第六进由大成门、先师殿、东西两庑、东西碑亭、东西两耳围合的庭院组成，它是整个文庙的核心，这一组建筑气势恢宏、格调高雅。
在大院内，有植于元代的古松、古柏，植于明代的山茶和植于清代的桂树。
先师殿前有一对伏坐石雕白象，上驮1米多高的青铜花瓶。
先师殿位于文庙建筑中轴线的最高处，它是文庙的中心，也是祭祀孔子的正殿。
全殿采用28根坚固的柱子作承重构架柱，其中前檐左右两棵角柱，其上半部采用浮雕与透雕的技术雕有精巧的龙腾祥云。
殿前的拜台，三面有石栏板望柱围护，拜台中放有清乾隆年间的高1丈的铜鼎香炉，其上部为宫殿亭楼牌坊的造型，并且有四根游龙盘绕的铜柱，它的四足为象头，象鼻支撑在底下的莲花座上。
大殿正面有5个开间，22扇雕花隔扇门，正中的6扇各雕有一条云龙，正好排列在殿内孔子圣像前，巧妙地组成了六龙捧圣。
两边的其他窗扇则雕刻着三羊开泰、旭日东升、双狮分水、喜鹊闹梅、竹报平安、禄禄有福、一路连科等民间传统吉祥图案。
大殿中共悬挂着八块清代帝王称赞孔子的御题贴金匾额，它们分别是：康熙所题的万世师表、雍正所写的生民未有、乾隆所书的与天地参、嘉庆的圣集大成、道光的圣协时中、咸丰的德齐帱载、同治的圣神天纵以及光绪题写的斯文在兹。
在大成殿庭院东西两侧，有体现庙学合一的东西明伦堂。
大殿两侧还各有一座东西碑亭，其中东碑亭中立着清雍正皇帝的《平定青海告成太学碑记》、西碑亭中立有乾隆的《平定回部告成太学碑记》。
两块石碑是巨石雕刻的，碑身上雕刻有满汉两种文字书写的碑文。
在大殿后墙脚处，还有10多块石碑，其中最为宝贵的是元代元武宗皇帝追封孔子为大圣至圣文宣王的圣旨碑。
大成殿后的文庙建筑是第七进院落，这里的主要建筑是崇圣祠。
崇圣祠是祭祀孔子的前五代祖宗的场所，其建筑模式为单檐歇山顶抬梁式建筑，通宽24米、进深16米、高9米。
它的前檐梁架和斗拱上，施有图案精美、色彩古朴的彩画，殿前有石栏板望柱（石栏板上刻有西湖名景图。
崇圣殿东侧有二贤祠和仓圣祠，二贤祠是为纪念明初被贬谪到此地，曾在文庙讲学十多年的两位文士所建的祠堂；仓圣祠是祭祀文字的发明人仓颉的场所。
在两祠之后，还有象征孔林的古柏树林。