高泰明遵守父命，将王位还给了段氏，立段正淳为皇帝，自己为相，同时恢复大理国号。
当段正淳禅位为僧后，其子正严（即段和誉）即位，在位近40年，其间勤理政事，国力较为鼎盛。
正严年老后，皇位由其子段正兴继承，没过多久，段正兴出家为僧，皇位由其子段智兴继承。
智兴信奉佛教，在位期间修了60多座佛寺。
他死后，其子智廉即位，但只当了4年皇帝就驾崩了，他的弟弟智祥即位后，广纳贤才，发展农业，国家更为繁荣强大。
此时，一些汉族人被渐渐夷化，且有大批汉族人从内地迁移到云南。
公元1244年，忽必烈率军攻打大理。
当大军到达今天的丽江时，忽必烈采纳姚枢等人的建议，下了止杀令，禁止屠城，同时派使者前去劝降。
大理相国高太祥坚决主张抵抗，并杀了使者。
皇帝段祥兴便派大将高禾出战，忽必烈没有实现占领大理的愿望。
1253年，段祥兴死，其子段子兴即位。
忽必烈再次率军进攻大理，大军直逼羊苴咩城，大理王段子兴背城出战，惨遭大败。
当年的12月12日，羊苴咩城被攻破，段子兴出逃。
次年春天，段子兴在宜良被俘虏，大理国灭亡。
大理国从创建到灭亡，历经316年和22位皇帝，其中共有9位皇帝在崇圣寺出家为僧，堪称皇帝出家人数最多的国家。
七、元朝时期的云南公元1253年，忽必烈率军征云南，攻破大理国，并抽调很多汉族军队来云南屯田戍守，主要分布在保山以东、红河以北的地区。
1267—1271年，忽必烈第五子忽哥赤为云南王。
这一时期，蒙宋战争已经展开，忽必烈开始攻打南宋，进行统一全国的作战。
蒙哥汗在攻宋时，命丧钓鱼城(四川合川)，忽必烈在开平(内蒙古正兰旗)继汗位，为元世祖。
很快，他的弟弟阿里不哥在和林(蒙古乌兰巴托西南的喀拉和林)称帝。
忽必烈为讨伐阿里不哥，暂与南宋息兵修好，但仍没有放松对云南的控制。
忽必烈在平定阿里不哥和李璃之乱后，政权得以巩固，遂开始为灭宋做准备。
经过襄樊之战等众多战役，在灭宋已成定局的情况下，派赛典赤到云南，并于1276年正式建云南行中书省，使它成为全国11个行省之一。
从此，云南正式成为省级行政区的名称，政治中心由大理迁至昆明。
赛典赤到云南后，在政治上改变了过去残酷屠杀的办法，注重改善民族关系、兴办教育、安定政治形势；在经济上制定合理的赋税，并积极发展生产、兴修水利。
最为突出的就是整治五百里滇池。
由于滇池泛滥成灾，赛典赤征召很多民工开凿海口，疏通螳螂川，使滇池水由海口经螳螂川流入金沙江，然后通过长江汇入大海。
这个海口使滇池水位保持平衡，既不会干枯，又免除水患，使得滇池周围成为良田。
赛典赤任云南行政长官6年期间，社会安定、经济发展，于公元1280年病故于昆明，当地百姓长哭于街巷乡野。
公元1290年，忽必烈封皇长孙甘麻刺为云南梁王，并平定大理，建立云南行省，实现了南北大统一，结束了云南在历史上长期割据的状况，打破了疆界的地区壁垒，建立了驿站制度，吸引很多汉族商人来云南经商。
这些都促进了云南与中原内地的经济文化交流，有利于云南政治、经济和文化的发展。
此外，大量蒙古人和汉人来到云南地区，与当地的彝族、白族、傣族、纳西族、哈尼族、独龙族、苗族和瑶族等民族不断融合、相互依存，促进了云南地区经济和文化的发展。