在古书资料中，石林古长城被称为鞑子城。
鞑子城为彝语，鞑意为埂，子意为界，城泛指夯土或垒石的墙，因此鞑子城就是界墙的意思。
明代万历年间的《云南通志》写道：鞑子城在州东三十里，夷语底伯卢。
其城起自曲靖，抵于广西(今泸西)，绵延三百里。
昔酋长兄弟筑此，以分地界。
这条被用来分地界的石林长城，修筑时间大概要追溯到9世纪左右。
大约在两晋隋唐时期，滇东居住着大姓爨氏，他们是南中望族，于东汉末年来到云南，到晋代时势力逐渐强大。
爨氏在鼎盛时期管辖的地区延绵2000余里，称雄一方。
后来，爨部又分东爨乌蛮与西爨白蛮。
乌蛮居住于昭通、泸西、弥勒、建水、会泽、嵩明、元江等林谷地带，白蛮居住于曲靖、澄江、滇池、宜良等地。
到了隋代，由于爨氏不上贡赋，杨坚便派史万岁前往讨伐，爨氏割据一方的局面从此宣告结束，但爨部的势力依然很大。
唐朝年间，玄宗李隆基指使剑南节度使挑起云南部族的斗争。
后来，姚州都督李宓派两爨大鬼主爨崇道，杀掉南宁州都督爨归王和安宁城首领爨日进。
这时，统一滇西大理的南诏首领阁罗凤在爨归王妻子阿姹的求救下，攻杀爨崇道及其兵马，从而迅速控制了滇东地区。
在此后的40余年里，乌蛮逐渐发展，产生了乌蛮七大部落。
他们也逐渐迁入生存条件较好的西爨故地。
南诏在与唐朝的争斗中，政权得到巩固，势力更为强大，疆域范围东接贵州，西抵伊洛瓦底江，南达西双版纳，北接大渡河，东南接越南边界，西部与吐蕃接壤。
南诏王朝末期，政治腐败，经济崩溃，权臣当道。
公元897年，郑买嗣杀死南诏王隆舜。
公元902年，他又杀死隆舜的儿子舜化员及南诏王室近千人，自立为王，号称大长和国。
公元927年，剑川节度杨干贞杀掉郑隆亶，立赵善政为王，国号为大天兴国，此后他又自立为王，号称大义宁国。
此时，乌蛮已发展成拥有白鹿部、夜苴部、华竹部、洪农碌劝部、纳垢部等三十七部的大势力，史称东爨乌蛮三十七部。
公元937年，通海节度使段思平在三十七部的帮助下，占领大理，建立了大理国。
段思平执政后，兑现起义前的承诺，实行减税免徭役的政策，分封给段氏和大臣很多领地，对支持自己起义的滇东三十七部首领也都加以分封。
普摩部、落温部、落蒙部、弥鹿部的酋长都是夷人氏族部落酋长，他们得到段氏所封的领地后，就商量在新分封的部落领土之间建造一种分界的标志，于是开始修筑最初的鞑子城。
大理中后期，段氏政权逐渐变得腐败，加强了对三十七部落的控制并在其领土内建东都鄯阐（今昆明），还设置东川、阿阳、秀山、石城四郡，从而激化了双方的矛盾。
公元1094—1096年，大理国内乱，大臣高氏专权，把自己的子孙封于八府四郡，并多次掠夺和侵吞三十七部土地，威胁到了滇东三十七部的生存。
公元1100年，阿庐部落中的强大族系师宗、弥勒等部联合三十七部，在盘江流域建立了部落联盟王国——自杞国。
自杞国建立后，发生了多次反抗大理国强占各部落土地的战争。
公元1147年，自杞国攻破东都鄯阐，杀死高明清。
在全盛时，自杞国的疆域北至曲靖，南至红河，西达昆明，东抵广西红水河。
为了有效地抗击外来侵略，自杞国在西部的险要处建了很多石堡、战墙、战垒、烽火台，为三百里古长城的形成奠定了坚实的基础。