1912年1月初，陈独秀走马上任。
当时和陈独秀同在都督秘书科的有邓艺孙、洪海闿、江津本、李德膏（李光炯）、卢光浩、马汝简、吕嘉德、李中一、龙炳等人，他们中多数是陈独秀的老朋友。
陈独秀嫂子张氏的弟弟张啸岑从前和吴越同在保定学堂读书，这会也在秘书科管理文书。
陈独秀性急，有嗣父陈昔凡遗风，恨不得一日干三日的事，常和科里同事发生口角。
这些人到孙毓筠面前说三道四，使陈独秀与孙毓筠也闹了矛盾。
一日，宣布开会后，孙毓筠和往常一样，闭目养神，由着陈独秀滔滔不绝地说，问到一句，孙哼一声，不问则不鸣。
孙毓筠认为，宣统已宣布退位，中华民国临时政府成立了，革命已经胜利，可以松一口气了，他不喜欢陈独秀的急性格。
孙中山后来和陈独秀谈话，把这种松一口气的态度狠狠地批评了一顿。
其时，安徽的庐州（孙万乘）、芜湖（吴振黄）、大通（恭钟岳）三处军政分尉不听孙毓筠的指挥，形成割据局面。
陈独秀见孙政权内外交困，孙毓筠又不支持他的兴皖计划，一气之下，将职位让给李光炯，自己去新恢复的安徽高等学校任教务长了。
校长是桐城派传人马其昶（1855~1930），光绪举人，曾任学部主事、京师大学堂教习。
春天，陈独秀去了一趟杭州，与苏曼殊见面。
4月13日，苏曼殊在杭州给刘三写信说：前夕归至西湖，连接三函，喜慰无量。
今与思渊，仲子约定，来沪时奉谒左右。
仲子指陈独秀；无量指谢无量；思渊指沈士远。
孙毓筠在安徽左右不了局势后，孙中山、黄兴派率部驻军浦口的柏文蔚协助他。
５月，孙毓筠应袁世凯重金聘请，去北京任袁的高级顾问。
见安徽群龙无首，在安徽高等学校任教务主任的陈独秀向校长马其昶告假。
马其昶不习惯陈独秀的激进方法，见他要走，乐得答应了。
6月，陈独秀到浦口找到柏文蔚，请他主持皖政。
当时，郭应龙部发生闹饷风潮，皖省人心不定，留守府撤销后，各地军心已散，浦口已无战略意义，回到安徽，尚可保留一部分革命力量。
6月底，柏文蔚将军部迁往蚌埠，自己到安庆上任都督兼民政长，陈独秀、赵字臣等为秘书。
当时，袁世凯也想拉拢柏文蔚，陈独秀主张虚与委蛇，决不为之所动。
柏文蔚是体育教师出身，长得像个将军，大头大脑，相貌堂堂，人称柏大头。
当时安徽有两派：军务部长管鹏派与柏文蔚派。
两派有隙。
一日，一个管派的人到柏文蔚处来，想找几句话恭维柏文蔚。
想来想去，说：今天能见到柏公，实属三生有幸，像柏公这样庸庸碌碌的将军，真是海内仅有。
陈独秀在一旁听了哈哈大笑，也不顾忌柏文蔚一脸窘态。
陈独秀想，此话实在恰到好处，妙不可言。
就在这时，陈家灾祸来临。
一日，儿子延年喘着粗气跑到都督府，要陈独秀赶快回家。
到了家，陈独秀才知道，原来，两年前和陈昔凡签合同做大豆生意的英商，利用辛亥革命后浙江巡抚倒台之机，通过英国官方向中国政府施加压力，要求陈昔凡归还收购大豆的定金。
陈昔凡接到英商的讼诉状，吃惊不小，忙叫孙子去喊回陈独秀，商量对策。
陈独秀劝嗣父亲赴上海，与英商怡德洋行交涉。
后陈昔凡带病去上海，查阅文字，方知当年上了姚通事的当，未将原来的契约作废。
陈昔凡不会英文，吃了洋亏，有口难辩，只好按约赔偿预付金，用财产契约顶了债务。