对于陈独秀，蔡元培本来有一种不忘的印象。
1904年，蔡元培与刘申叔办《警钟日报》时，听刘说：有一种在芜湖发行之白话报，发起的若干人，都因困苦及危险而散去了，陈仲甫一个人又支持了好几个月。
听了汤尔和的话，蔡元培又翻阅了《新青年》，决意聘陈独秀。
1936年10月23日，蔡元培在他写的《我在五四运动时的回忆》中说：我到北大，由医专校长汤尔和君的介绍，便首先聘请了主编《新青年》的陈独秀君任北大文科学长。
听汤尔和说陈独秀在北京前门外一旅馆住，蔡元培即去访他。
事前，蔡元培写了条子，注明：西河沿，中西旅馆，陈仲甫先生，九点以前。
12月26日上午，陈独秀起床开门，发现蔡元培端坐在门外的凳子上等候，大吃一惊。
头天晚上，陈独秀和汪孟邹出门看戏，回来迟了，早上贪睡了一会儿。
想不到这位老翰林上午九时就在外面坐等了。
蔡元培这年49周岁，和十几年前比，老多了。
但乌黑的分头，精巧的金丝眼镜，浅浅的山羊胡子，除了保留了当年朴实敦厚之外，又增添了学者的睿智。
寒暄了几句，蔡元培表示，自己初到北大，急需一班积学而热心的学者名流到北大，以改造校风，推进学术研究，并希望仲甫任北大文科学长。
陈独秀当然乐意到北大来，一则工资高，月薪300元，现在编刊物，累死累活，才200元，还没有保证；二则身份也不同，由自由办报人一跃成了名牌大学的文科学长，成了吃皇粮的，何况，校长亲自上门，给足了面子，今后的日子估计不难。
唯一担心的是，在上海办《新青年》，两头不好兼顾。
蔡元培建议陈独秀把杂志带到北大来办，说北大要聘一大批名流学者，正可帮助编杂志。
陈独秀不好推辞了，蔡校长的诚恳热情，连一旁的汪孟邹，也深受感染。
听说北大要聘一大批名流学者，陈独秀推荐即将回国的哲学博士胡适，建议蔡元培聘他任文科学长。
蔡元培沉吟了一下，觉得还是聘陈独秀任文科学长，而聘胡适任文学教授或哲学教授。
虽然工资少一点，月薪250元，也很不错了。
因为事情重大，陈独秀担心自己能否胜任，提出试行三个月，再作最后决定。
蔡元培也同意了。
蔡元培因为要去中央公园参加信教自由会的会议，且有演讲，便告辞了。
这次北上，是陈独秀人生的一个转折点；胡适在美国，未费一句口舌，就有未见面的朋友帮他在中国最好的大学找到了工作。
书局招股十余万元，南方认股数万元，加上亚东、群益旧有财产，共有三十余万资金，书局成立在望，也不负汪孟邹此行。
和陈独秀说定后，蔡元培很快给教育部呈文。
民国元年，蔡元培曾任唐绍仪内阁的教育总长，现任教育部部长范源濂当时任教育次长，两人是老搭档。
教育部同意自己聘请陈独秀，蔡元培胸有成竹。
六吴虞来信1917年1月1日，陈独秀在《新青年》第二卷第五号上发表了《蔡孑民先生在信教自由会之演说》一文。
这是1916年12月26日蔡元培的演说。
陈独秀记得，这天正是蔡公去旅社看他的日子。
虽然即将和蔡元培一起共事，但在一些问题的看法上，陈独秀和蔡元培并不一样。
如蔡元培不反对孔子和宗教，陈独秀是既反对孔子，也反对宗教。
蔡元培说：孔子是孔子，宗教是宗教，国家是国家：义理各别，勿能强作一谈。
陈独秀说：蔡先生不反对孔子，更不绝对反对宗教，此余之所不同也。