在这期《新青年》上，陈独秀发表了《再论孔教问题》，提出了和蔡元培不同的观点，主张废弃宗教。
他说：余之信仰。
人类将来真实之信解行证，必以科学为正轨，一切宗教，皆在废弃之列。
吾爱先生，更爱真理。
在对待学问和朋友的关系上，陈独秀和后来胡适反对蔡元培的红学观点，不谋而合。
3月1日，陈独秀在《新青年》第三卷第一号发表《答俞颂华（宗教与孔子）》，改变了废弃宗教的观点，说：窃以宗教之根本作用，重在出世间，使人生扰攘之精神有所寄托耳。
他强调宗教的作用不在人世间，否定宗教对于人生行为发生作用。
5月1日，陈独秀在《新青年》第三卷第三号发表《再答俞颂华（孔教）》，继续谈宗教的弊端：今之人类（不但中国人）是否可以完全抛弃宗教，本非片言可以武断。
在这封信里，陈独秀主张以美术哲学代替宗教的作用。
他说：至于宗教之有益部分，窃谓美术哲学可以代之。
即无宗教，吾人亦未必精神上无所信仰，谓吾人不可无信仰心则可，谓吾人不可无宗教信仰，恐未必然。
一旦美术可以代替宗教，则从根本上否认了宗教存在的意义。
陈独秀不信伦理的宗教，认为伦理不是宗教范畴。
1918年2月15日，陈独秀在《新青年》第四卷第二号发表《人生真义》，在谈到人生在世，究竟为的甚么？究竟应该怎样？时说，像那佛教家说：世界本来是个幻象，人生本来无生；真如本性为无明所迷，才现出一切生灭幻象；一旦无明灭，一切生灭幻象都没有了，还有甚么世界，还有甚么人生呢？这样，陈独秀在人生观上否定了佛教，同时，他还否定了基督教、孔子、墨子、杨朱、老子的人生观。
成都府中学堂教习吴虞看了《新青年》杂志谈孔子的文章，非常高兴。
吴虞没有见过陈独秀，潘力山告诉他：陈独秀，我知道，大约四十来岁，安徽人。
辛亥革命前，喜欢读《易经》，写一手好小篆。
在杭州作了不少游山玩水的诗。
辛亥革命后，到处讲学，个性发生了很大变化。
吴虞（1872～1949），字又陵，成都市新繁（今新都）人。
他于1906年游东京，回四川后，常以中国古书与西方学者的著作，以及欧美各国宪法、民刑法比勘阅读。
十年来，写了不少非孔非庄的文章，成都不愿刊登。
他打算有空依次抄录，寄给陈独秀。
他在给陈独秀的信中，谈到自己的文章被禁登的情况：拙撰宋元学粹语例言引李卓吾语，前清学部曾令赵学政启霖查禁。
癸丑在成都醒群报投笔记稿，又由内务部朱启钤电令封禁（此次方准启封）。
故关于非儒之作，成都报纸不甚敢登载。
《陈独秀书信集》，第70页，北京，新华出版社，1987。
对于吴虞，陈独秀并不陌生。
一年前，陈独秀帮章士钊编《甲寅》，曾编过吴虞自四川寄来的《辛亥杂诗》。
收到吴虞的信，陈独秀立即写了回信，在1917年1月1日《新青年》第二卷第五号上发表。
他写道：窃以无论何种学派，均不能定为一尊，以阻碍思想文化之自由发展。
况儒术孔道，非无优点，而缺点则正多。
尤与近世文明社会绝不相容者，其一贯伦理政治之纲常阶级说也。
此不攻破，吾国之政治、法律，社会道德，俱无由出黑暗而入光明。
神州大气，腐秽蚀人。
西望峨眉，远在天外。
瞻仰弗及，我劳如何！。