3月17日，日军分三路进攻，其中中路以第一○一师团、新组建的第一○六师团任主攻，向中国军队驻防的第三十二、第七十九、第四十九军进攻。
为报万家岭一箭之仇，日军不顾大雨滂沱，又是飞机炸、炮舰轰，还违反国际法施放毒气，来势凶猛，在五天内就突破中国守军正面阵地，沿公路大道疾驰南下。
薛岳见情形不对，令高荫槐第一集团军、第七十四军火速增援南昌。
抢在中国援军到达之前，日军又以一○一、一○六师团由安义左旋向南直突进，绕过中国军在乐化等地构筑好的强固国防阵地，冲向南昌腹地。
3月27日，日军攻陷南昌，4月2日攻陷重镇高安，俞济时七十四军退守高安以西和锦江南岸。
危急中，薛岳严令各军将领亲赴前方督战，并警告说：敌主力愈易进展，攻我后方，如此必陷我湘北及赣西北部队于艰苦，须知本战区兵力占全国四分之一以上，如本战区惨败，不仅湘赣灭亡，恐尔后国军即无力抗战。
在重庆，蒋介石不甘心南昌就这么丢了，令第三、九战区联手反攻，夺回南昌。
4月22日，薛岳指挥第九战区第十九集团军、第一集团军、第七十四军、第四十九军和第三战区上官云相的第三十二集团军，分三路开始全面反攻，向南昌逼近。
开始几天，中国军队各路都打得不错，一步步逼近南昌。
谁知越逼近南昌，仗就越难打。
特别是由于未能按计划切断南浔铁路，日军得以从上海急调海军陆战队来南昌接防，第一○一师团主力便可以腾出手来于27日实施反击，在猛烈炮火及航空兵火力支援下，与中国军队在南昌东南、正南郊区展开激战，反复争夺各据点，杀得难解难分。
面对南昌城内外连天的炮火，薛岳本想孤注一掷，破釜沉舟地大战一番，可是接到蒋介石限期于５月５日攻下南昌的命令后，他忽然冷静下来，按现有的攻坚装备，想在5月5日前攻下南昌根本是不可能的，而且牺牲会越来越大。
但他不敢直接向蒋介石提出异议，便于５月３日致电陈诚陈述自己的看法：查南昌、奉新方面之攻击，自４月漾日（23日）开始，已十一天。
因我军之装备等不及敌人，而敌人之重兵器、机械化部队与飞机等，能处处协力敌陆军之作战，因此攻击颇难摧毁敌之坚固阵地。
现迭奉委座电令：我军作战之方略在消耗敌人，而不被敌人消耗，避实击虚，造成持久抗战之目的。
故此次南昌之攻击，即在消耗敌人、避实击虚之原则下，预行设伏，采用奇袭方式，四面进攻，冀以最迅速敏活之手段，夺回南昌。
现时已持久，攻坚既不可能，击虚又不可得，敌势虽蹙，但欲求５月５日前攻克南昌，事实上恐难达成任务。
除严令各部排除万难、不顾一切继续猛攻外，拟恳与委座通电话时，将上述情形婉为陈明。
陈诚于５月５日将薛岳的电报全文转报蒋介石。
桂林行营主任白崇禧对限时攻克南昌的命令也认为不符实际，５月５日致电蒋介石，婉转地提出不同的建议。
两封电报的用意，都是以子之矛，攻子之盾，以作战指导不符战略方针为理由，希望蒋介石改变限期攻克南昌的命令。
正当蒋介石还在犹豫不决时，5月6日，日军第一○六师团主力在飞机、坦克支援下，从南昌及莲塘夹击城郊的第二十九军。
激战至17时，第二十九军被包围，第二十六师师长刘雨卿负伤，军长陈安宝及第一五六团团长谢北亭牺牲。
薛岳惊悉陈安宝中将壮烈殉国，面对旷野之上尸体累累，血流成河，深知已经无法争夺到战场的主动权，克服南昌城池需付出更大的伤亡，得不偿失。
虽然这次反攻南昌，蒋介石明令由罗卓英负责，但作为九战区主官，他主动承担责任，再次致电蒋介石；安宝南济苦战，迭挫凶锋，今安宝壮烈殉国，伤悼己深，敬请重恤。
岳指挥无方，南昌未克，而丧我忠良，敬请重罚，以慰英烈。
蒋介石得到陈安宝军长牺牲及进攻部队伤亡惨重的报告，接受了薛岳的意见，于５月９日下达停止进攻南昌的命令。
日军此时亦因损失严重，无力反击，南昌会战结束。
南昌会战是淞沪会战以来一次大规模的攻坚战，可惜先期错失战机，平白由主动变为被动，得承担机动力差、火力不足的恶果，最后功败垂成。
面对抗战以来经历的无数次大大小小的战斗，薛岳唯觉耿耿于怀的，是南昌会战。
这次会战，薛岳为减少因争一城一池而付出牺牲主力的代价，主动要求停止攻城，这在他几十年军人生涯中，是第一次。
因此，南昌之耻一直是他没齿难忘的。
但从另一方面，也表现出他不再逞一时之勇，日益走向成熟，开始呈现出一代名将的沉着与理性。
万里长城万里长长城外面是故乡四万万同胞心一样新的长城万里长。