第一节使徒袭来平日里生活在这个整个第三新东京市城市里的人们都是生活在气氛平和宁静之中。
但是由于一个神秘而又恐怖的怪物向着地球向这个城市袭来，并打破了这个城市原本平和与宁静，城市的自动防御系统启动了，所有人都底下防空洞避难。
而梁梁和丽也接到了美里小姐在总部的紧急联络并火速赶往NERV本部。
NERV是国际最高干部的所属人类补完计划委员会的秘密特殊机关[人工进化研究所]及其周边设施都建于地球遭遇第二次碰撞的数年之后。
它的本部位于第三新东京市的秘密地下城，任务是秘密研究和制造人形机器人EVA司令官就是现在的碇元度，副司令则是东月以上都是由赤木博士给梁梁提供的资料上得知的……由于碇司令下达的冻结命令丽和零号机不用出战。
而梁梁本人则关注战斗状况，此战指挥权是葛城美里小姐，司令部的巨大屏幕上正显示着这个可怕的怪物的行动，……这个怪物的就是——第三使徒水天使——萨基尔。
为了抵挡第三使徒的攻击，第三新东京市军队派出最强的战术自卫队迎击使徒，但是没有这个使徒却毫发无损，反而战术自卫队被第三使徒打得一败涂地，战术自卫队只有使出最后武器对这个使徒投下N2炸弹……但是……成功了吗？没有，目标内部出现高能量反应!"‘AT立场？果然普通武器对这个使徒无效。
’真是想不到最强武器N2炸弹都竟然对这个怪物没有损伤，自卫队已无心恋战,带着残余部队撤退。
梁梁看着屏幕在心中想到（这个就是使徒全人类的敌人也是丽与之战斗的敌人。
）之后第三使徒又慢慢的继续开始向第三新东京移动并对城市大肆破坏情况十分危急！此时碇司令下令让第三名适合者名为碇真嗣的少年搭乘上EVA1号机这是他第一次的出战，初号机是NERV本部按照代号为‘E’计划的而秘密制造的人形机器人，这也是保卫人类对付使徒的最后的王牌。
‘驾驶仓插入确认。
’‘主电源接续动力传达所有回路A－10接续无异常。
‘双向回路打开，同步率为41.3%……。
’NERV本部正向EVA发出一系列指令……‘报告！EVA1号机已移动至发射口出击准备全部完成！’美里小姐看着屏幕上显示着初号机的完成出击准备,说道‘看来没有问题了。
‘‘如果不打败使徒人类就没有未来了。
"赤木博士说道然后，美里小姐下达命令初号机从地面发射口升到地面。
‘升降机安全装置，解除！EVA初号机启动！’初号机出击之后使用震动粒子刀对第三使徒展开了猛攻，但第三使徒展开了防御立场初号机无法对其造成损伤，反而第三使徒将初号机打的毫无还手之力……‘报告！初号机头部遭到破损！损伤不明！’所有线路发生断路！’‘驾驶员生死不明，初号机完全沉默！’赤木博士对美里小姐喊道‘美里！’‘到此为止了！立刻停止作战！强制排出驾驶舱！’‘不行！无法接受信号！’‘什么？！’美里小姐吃惊的说道就在大家都认为一切都完了的时候，但就在此时……初号机的眼睛亮了起来，并且发出了怒吼！‘这不可能……真不敢相信初号机竟然再次启动了！’‘难道是……’‘暴走？’梁梁看着一幕也在心中惊叹道（这究竟是怎么回事？……原本已被使徒被打败的初号机竟然再次启动并且暴走？！）然后初号机对第三使徒进行疯狂地攻击，第三使徒展开了防御立场阻止初号机的攻击，防御立场竟然被暴走的初号机硬生生的撕开了！初号机已经开始对第三使徒进行单方面攻击，初号机那可怕的攻势和气势已将第三使徒完全压倒，使徒虽然极力反抗和挣扎但还是毫无办法。
第三使徒最后竟然和初号机同归于尽……此时监视器暂时无法显示只能从听到扬声器传来的震耳欲聋的爆炸声，数秒之后……‘图像恢复正常。
’‘初号机呢？’已经确认驾驶员生还。
很好！以保护驾驶员优先。
战斗结束了……此时梁梁全身感到一阵战栗感袭遍全身，与使徒的第一场战斗竟然如此地惨烈并且让人胆战心惊……目瞪口呆还有初号机的暴走的样子不由的让他心中感到不寒而栗不仅是他自己，所有的人都感到害怕。
梁梁也对此不敢相信（被打败的初号机竟然暴走而且攻击力增倍……这是什么力量？！难道丽今后也要遇到这样令人恐怖和惨烈的战斗吗？）他一边想着一边担心地望着身边的丽。
之后开始了对初号机进行回收的工作……