第三节被使徒夺取的三号机几天过后一架美国喷气式飞机将一架黑色人形机体运输至了NERV本部，根据美里小姐和赤木博士所得到的有关该机的情报大家得知这台运输过来的黑色机体就是——NERV在美国分部研发并建造完成的EVA三号机，而该机操作者也是由NERV本部的超级电脑玛格从中的众多备选着选拔出来的一名驾驶员，有关于驾驶员的身份NERV总部的全体人员包括丽和梁梁在内成员都已经得知。
唯独不知道此事的只有真嗣君，因为不久之后将进行EVA三号机的测试工作，所以美里小姐打算在进行完机体测试之后再向真嗣君说明。
美里小姐还提醒大家将此事设为高级机密。
三号机测试时间和地点都已经预定好了，几天之后将在松代进行第一次启动测试，如果三号机启动测试成功的话该机体也会大幅提升EVA机体对使徒战斗力。
几天之后的松代三号机启动试验现场，所以的工作人员都已经准备就绪同时三号机驾驶员也按时到达试验现场……‘报告三号机驾驶员已经到达试验现场，动试验准备就绪。
’‘明白。
’‘三号机启动试验开始。
’‘明白，驾驶舱插入完毕。
’‘系统开始接续。
’‘神经脉冲开始连接。
’‘开始记录驾驶员与三号机的同步率。
’‘同步率图像相对正常。
’‘从列表500只1350为止全部正常。
’‘第一次接续没有问题。
’……试验现场工作人员正进行对三号机的启动测试，正当大家都还以为三号机启动试验似乎进行的顺利的时候。
发生了出乎意料的情况，监视器图样出现警告提示与此同时整个试验现场警报声大作。
‘怎么回事？’‘报告！三号机出现异常反应！’‘立刻终止试验。
排出驾驶舱关闭系统电源。
’‘不行！电源无法切断，探测器探测到三号机内出现高能量反应！’‘你说什么？难道……是使徒？’…………紧接着三号机的实验现场发生了大爆炸！现场顿时火光冲天！伴随着震耳欲聋的爆炸声响试验现场就这样在一片火光中化为灰烬……另一方面，第三东京市NERV总部接收到了三号机试验现场发生爆炸事故的消息，NERV接到消息后立即派遣救助队前往该地与此同时，美里小姐将正在公寓中学习的梁梁和丽也召集到了总部待命。
真嗣君等人也随后赶到。
现在总部已经处于第一警戒状态。
‘情况怎么样？’‘在事故现场探测到不明移动物体。
’‘根据玛葛对该物体的扫描显示图像为橘色，无法确认为使徒。
’‘明白，马上向第三新东京市发布避难命令，全体人员第一种战斗配置。
’同一时刻，丽真嗣君等人驾驶着各自的机体前往预定的迎击地点做好战斗准备……这一战是由美里小姐以及碇司令共同指挥。
梁梁对于EVA三号机发生的意外事故感到奇怪，于是对美里小姐问道‘美里小姐到底怎么回事？三号机的启动试验怎么会发生意外事故呢？’‘不太清楚，我们目前只能从事故现场得到情报来看，意外原因是在启动试验的时候探测器发现三号机的机体内出现高能量反应。
’‘也就是说……三号机在启动试验时候被使徒夺取了吗？’‘从上述情况来看可以这样认为……’美里小姐表情凝重的说道正在此时工作人员侦察雷达上有目标的反应‘报告！雷达在野边山附近探测到目标的图像，现在将图像在主屏幕上显示!‘当大家看见从监视器上显示着的被使徒夺取的三号机的图象的时候，在场所有的人包括梁梁都不约而同的发出了吃惊的惊叹的声‘啊……！’（我的天呐……真不敢相信……三号机竟然被使徒夺取了……）梁梁也吃惊的看着监视器的图象同时在心中想道，这次的战斗由美里小姐与碇司令共同指挥。
美里小姐命令工作人员强行派出三号机的驾驶舱并发送停止信号，但是不料三号机竟然不接受任何信号，而且也无法探测到机体内的驾驶员的还有是否生还的可能，无奈之下，只有将三号机废弃并将其认定为第13使徒，并且将目标消灭。
第十三使徒一步一步向着丽、真嗣君等人的方向慢慢地逼近着……‘这……三号机里面似乎是有人……怎么可能会被使徒夺取呢？’就在真嗣君还在为此感到迷惑的时候，13使徒已经将二号机击毁，十三使徒摧毁了二号机之后继续向前移动……工作人员警告道‘报告！敌目标正在向零号机的方向移动！’美里小姐对丽提醒道‘丽，尽量可能避免战斗阻止目标的行动，’梁梁也对丽关照道。
‘丽……小心啊！’‘是，……我知道了。
’13使徒一步一步的向前逼近着……距离越来越近……丽已经做好了战斗准备，一边双眼紧紧的盯着目标一边在心中想道（是……那个男孩在驾驶的吧……）当大家发现13使徒背对着零号机走到零号机前面的时候，第13使徒忽然停止住了……就在大家对这个情况还来不及思考是时候，接下来发生了触目惊心的一幕！忽然停止的13使徒突然向着零号机的方向猛扑过来并将零号机压倒！零号机的右手被13使徒死死的抓住！零号机的手臂正遭到溶解夜的侵蚀！‘报告！零号机左臂遭到使徒的溶解液的侵蚀！’梁梁在显示器上看着丽痛苦的样子而且听见从扬声器上传来丽痛苦的呻吟声‘啊啊……！！’‘阿丽！！’梁梁不禁呼喊着她的名字看见丽痛苦的样子，梁梁非常的心痛，然后他对美里小说道‘美里小姐这样下去的话阿丽有危险快救救阿丽！’美里小姐看着梁梁的表情也很理解他的心情，点头说道‘我知道了小伙子不要着急。
’‘嗯……！’于是美里小姐下令派遣真嗣和初号机救援正遭到使徒袭击的丽和零号机，但美里小姐刚要下达派遣一号机救援丽命令的时候却被碇司令无情的阻止了，碇司令说道‘等等让一号机在原地待命。
’但美里小姐对于碇司令的想法表示反对‘可是碇司令保护驾驶员安全才是……’美里小姐还没有说完又被碇司令无情地打断了‘现在的指挥权由我负责。
’然后碇司令对工作人员命令道‘马上切断驾驶员与零号机的同步调节！’‘但是……如果不先解除驾驶员的与机体的神经连接的话……可能会。
’‘马上切断！’梁梁看着眼前的这个身为总部的司令官竟然是一个如此冷血无情的人，在丽遇到危险的时候，不但不丽的安全反而让丽的痛苦增加，对于碇司令的这种行为让梁梁无法容忍。
梁梁对碇司令大声的说道‘等一下！为什么不能派遣真嗣君救援丽？你难道没有看见丽正遭遇危险吗？！难道你没有听见丽痛苦的惨叫吗？！难道……难道你是这样一个如此无情冷血的人吗？你难道就让丽丢失掉宝贵的生命吗？！难道……难道你要害死阿丽吗？！’梁梁的大声的对碇司令说着语气中透露出对丽的心疼与碇司令的愤恨！但是碇司令对于梁梁的这种态度，丝毫没有理会只是冷冷的说道‘你只不过丽的代理监护人而已！你这样的小人物根本没有资格也没有权利向我提出任何要求！也没有资格教训我。
’‘唔……！什么！？’听见碇司令如此冷漠回答，梁梁非常吃惊但这样令他加深了对于无情的碇司令的憎恨~他愤怒的看着无情且冷血的司令‘咳……！’‘我是这里的司令这里一切指挥有我负责，执行我的命令切断左臂的连接！’‘是……’无奈之下工作人员按下了切断左臂的按钮，随即画面上显示零号机的左臂被切断的图像，同时扬声器也再次传来丽的痛苦的呻吟！‘啊！’丽用另一只手握着受伤手臂强忍着疼痛，虽然梁梁从显示上看见丽的手臂虽然没有流血，但是梁梁从丽的痛苦表情上可以体会的到丽的痛苦样子，梁梁此时内心感觉犹如刀刺一样的痛……泪水早已从他的眼中流了下来，梁梁一边不住的的摇头一边看着丽痛苦的样子一边喊着丽的名字‘阿丽……!’此时梁梁的心中夹杂着各自复杂的心情，有痛有怨也有恨！痛是他看见丽为了他受伤而感到痛苦，怨是怨恨自己的没有用。
虽然是丽的代理监护人，但是可惜自己不是eva的驾驶员，无法在战场上保护自己心爱的她，然后梁梁愤怒的眼神注视着那冷酷无情的碇司令他痛恨着碇司令在丽在遇到危险时候，碇司令的如此冷漠与无情的态度，梁梁捏紧了拳头怒火也在他心中燃起！他实在无法容忍下去~他真的恨不得冲上去教训这个可恶的老混蛋……但是美里小姐伸手拉住了他。
‘等一下小伙子！’‘美里小姐？’‘冷静一点小伙子。
’美里小姐看着梁梁摇了头劝道梁梁挣脱开美里小姐的手阻拦仍然愤怒的说道‘别拦我美里小姐！！这个老混蛋看见丽受伤竟然无动于衷！这个老混蛋冷酷无情不但不去让真嗣君救助丽反而还让丽增加痛苦……你叫我怎么冷静的了！？’‘我理解你的心情小伙子……。
等战斗结束后我会派出救援队，我们会跟你一起去的。
’‘可美里小姐丽……我不能看着这样痛苦………’‘现在只能忍耐，你要为丽想想……’美里小姐用手轻轻的拍了拍梁梁的肩膀再次无奈的摇了摇头，从美里小姐的表情来看，美里小姐的心情和梁梁一样的难过。
梁梁也知道一现在自身的力量。
现在暂时无法和这个老混蛋对抗，梁梁觉得美里小姐的话，也有道理，为了丽现在梁梁只能暂时忍住的怒气。
然后用力摔了一下拳头梁梁又瞪了一眼碇司令又看了看屏幕上受伤的丽在心中想道【唔……混蛋！这个可恶的碇司令竟然是如此的冷血！竟然对丽受伤的态度如此冷漠……我不能原谅这个老混蛋！但是……阿丽……受了伤…我……却不能救她……………唔……可恶！！】由于丽在战斗中负伤无法继续战斗……让丽暂时撤退……接着13使徒继续向真嗣所在的一号机逼近。
‘报告！目标正在向初号机方向移动。
’然后碇司令对真嗣君说道‘现在目标与你的接触时间还有20秒，你去击败它。
’‘虽然是目标……但是…这三号机里面不是有人坐在上面吗？……和我同龄的孩子在驾驶它吗？’真嗣君似乎在犹豫着随着时间的推移13使徒与真嗣君的距离越来越近，终于他们的距离缩短到了只有一步之遥……突然13使徒发出吼叫声同时再次飞身挑起向初号机猛扑过去，正处于犹豫不决的真嗣冷不防的遭到了13使徒袭击并被打倒在地。
‘果然有人在里面。
’在倒地的一瞬间。
真嗣透过驾驶舱里的屏幕看见被13使徒夺取的三号机上面的驾驶舱，初号机重新站立起来，但就在此时13使徒竟然用手猛的掐住了初号机的脖子，就这样初号机被使徒压到在山腰上……由于初号机受到13使徒的攻击同步率急速下降……‘报告驾驶员的生命维持系统发生异常……！’‘驾驶员有危险！’碇司令对真嗣说道‘真嗣你是怎么了？为什么不反击！’真嗣一边强忍住窒息的感觉一边回答道‘因为……里面还有人呐！爸爸！’‘别理那个！那家伙使徒是我们共同的敌人！’‘但是……我怎么可以杀人呢？这我做不到！必须想办法救那个人才行！’‘这样下去的话你会死的！！’‘也好！总比杀人要好！’真嗣君虽然不知道被使徒的侵占的三号机中困在舱里的驾驶员是谁但是内心善良的他不想背负杀人的罪名。
碇司令见真嗣不忍下手于是便命令道‘那好吧！不要管他！我命令将驾驶员与初号机的同步连接完全切断！’‘要切断吗？’‘没错！将运行模式切换成傀儡系统！’‘但是长官！傀儡系统本身还很多缺陷，而且也未得到赤木博士的批准……’虽然工作人员这样对碇司令要求很不太同意，但是那个可恶的碇司令依然用冷酷无情的语气说道‘总比现在的驾驶员要有用的多！服从我的命令，照办！！’万般无奈之下工作人员只能默默接受命令，切断了驾驶员与初号机的同步连接。
同时切换为模拟系统！在驾驶舱里正在忍受被使徒攻击的真嗣，由于改变了运行模式。
真嗣的危机暂时解除了……但是很快机体又恢复工作系统磁碟开始高速运转。
‘机体运行模式切换完毕。
’‘确认机体信号收到。
’‘神经接续没有问题。
’‘感情成分的32.8%无法监控。
’‘没关系！开放系统开始攻击！’碇司令下达攻击指令后，傀儡系统程序开始启动，此时的初号机向疯狂的野兽一样猛烈的向13使徒发动攻击，并且以压倒性力量将13号使徒击倒。
工作人员通过监视器看着在模拟系统操控下对十三使徒进行攻击的初号机吃惊的说道‘这个就是……傀儡系统的力量吗？’虽然第13使徒在初号机的傀儡系统的力量下被击倒，但是此时的初号机似乎没有要停止的迹象，竟然继续对被打败的13使徒一下一下猛烈的攻击，而且攻击的力量一次比一次猛烈一次比一次可怕。
鲜红的血液由于初号机的猛烈攻击下渐出！此时在驾驶舱里看着在傀儡系统的程序控制下对三号机猛烈攻击的初号机的场面他不断大喊着‘爸爸快停下！不要这样！快住手！快停下来！停下来~~！’但是不管真嗣君怎么呼喊都没有用。
初号机仍然对已经倒下的目标进行攻击，这个场面在场所有人的人都非常的害怕！一身战栗感又传遍梁梁的全身……就这样恐怖的初号机伴随着真嗣的呼喊声下继续不断的攻击着，突然初号机将3号机的驾驶舱强行拔出来握住手中，似乎是要将驾驶舱里的人一起捏碎真嗣不由得吃惊然后大叫道‘住手！’但是初号机的手仍然用力捏碎了3号机驾驶舱，大家又被这触目惊心的一面大为震惊‘不要啊啊！！’真嗣君呼喊声传遍整个司令部与此同时初号机也在同一时刻停止了攻击…………………………仿佛经过了死一般的寂静之后，工作人员才战战兢兢地开口说道‘……报……报告……E……EVA三号机……不……不对……敌目标已经……完全被消灭……’…………战斗结束之后进行战后处理工作与此同时美里小姐也派出一支救援队并且和梁梁一起前往预定进行零号机的回收和驾驶员的救援工作……