朝廷对于西藏的治理，是通过驻藏大臣完成的。
驻藏大臣拥有西藏一切重要事务的最后决定权，但并不直接管理藏政，说到底，朝廷对西藏的治理，是一种间接的治理。
这是一种低水平的治理，西藏出现了什么问题、矛盾，必须累计到将近爆发的时候，甚至到爆发之后，才能被发现，并着手解决。
就算问题最终得到解决，损失也已经造成，事倍功半，代价过重。
还有，如果西藏内部出现了对朝廷的离心力，也不能及时发现，未雨绸缪，预为之备。
改革西藏官制，关卓凡定下两个原则：一，改间接治理为间接治理、直接治理并举；二，削弱黄教寺院集团在政府中的影响力。
先说第一个。
仿朝廷的六部，改革噶夏政府。
四噶伦增加到六噶伦，犹如六部堂官，两正四副，其中，一正二副为藏人，正噶伦为僧噶伦，副噶伦为俗噶伦；另一正二副，则或汉或满，由朝廷委派。
这个情形，被称为半朝半藏，亦仿佛六部堂官的满、汉各半。
朝廷一伸手，就拿走了噶夏政府一半的行政权，藏人自治的权力，自然是被大幅度削减了。
不过，僧噶伦名正言顺变成正噶伦，又似乎巩固了寺院集团的势力，一班藏人上层，面对新官制，面面相觑，五味具陈。
新噶夏政府，名义上，一如其旧，位居摄政之下；副噶伦亦位居正噶伦之下。
可是，即便黄口小儿，也晓得，摄政如何支使得动朝噶伦?正职的藏噶伦又如何支使得动副职的朝噶伦？副职的朝噶伦，只有正职的朝噶伦才支使得动，而正职的朝噶伦，自然是越过摄政，直接对驻藏大臣负责的。
则新官制之下，摄政的权力，也被间接地削弱了。
噶厦下面，有两个最重要的机构，一个叫译仓，相当于秘书处，主事者为两名四品僧官；一个叫孜康，相当于审计处，主事者为三名四品俗官。
同时，这两个机构也兼组织处的功能，译仓管理僧官，孜康管理俗官。
新官制中，译仓和孜康的主事官员，统统增加到四名，各为二朝二藏。
这样一来，噶厦政府三项最重要的办事权——文秘机要、财政赋税、人事管理，每一项，朝廷都拿走了一半。
至于黄教寺院集团在政府中的影响力这个问题嘛……嗯，这样吧，咱们以后就不召开什么噶伦扩大会议了，名不正言不顺的，对与会的三大寺不够尊重嘛！嗯，为隆重其事，咱们成立一个大参事会议，请帮办大臣和摄政做名誉主任委员，请一僧一朝的两位正噶伦做主任委员，请四位副噶伦和三大寺的堪布做副主任委员。
看，三大寺的堪布，同噶厦政府的噶伦，名正言顺地平起平坐，这，才是尊重各位活佛的道理嘛！你问委员都是些什么人？哦，这个大参事会议的委员，包括前藏其余所有黄教寺庙的堪布，也包括重要的官员、头人，等等等等，总之——各界贤达。
你想一想，大参事会议召开，前藏朝野要人全部与会，帮办大臣和摄政，既为名誉主任委员，自然也要莅会的，也会带来驻藏大臣和**喇嘛的训谕。
这个大参事会议，群贤毕集，济济一堂，何等气魄，何等热闹？委员们畅所欲言，共商藏是，有所得的，便可上书，大参事会议的译仓整理之后，即上呈驻藏大臣和**喇嘛审阅，说的有理的，自然就会发下来，噶厦自然照章执行。
呃，请问，这个大参事会议，多久召开一次啊？这个嘛，开得太频繁，就显不出隆重其事来了，再者说了，前藏地方这么大，拉萨之外的堪布、官员、头人，来会议一次也不容易，这样吧，一年一次如何？啊？还是太频繁了？那就两年一次吧！呃……千万只草泥马在心头奔腾而过……改了政府，改了寺庙参政议政的形式，还有一样要紧物事，也是要改的——藏军。
国初的时候，西藏并没有正式的军队，平时就是耕作、放牧的普通百姓，既不进行军事训练，更没有固定的编制，遇有战事，当政者按各部落大小，征调差兵，并由服役者自备马匹、粮草、武器。
这样的军队，能有什么战斗力？敌人稍稍强悍一些，便一触即溃。
所以，西藏碰到蒙古，一点法子也没有，先后受制于和硕特、准噶尔，全然动弹不得。
同廓尔喀见仗，也是一败涂地。
有鉴于此，平定廓尔喀之乱后，高宗命西藏组建了一只三千人的正规部队，额设代本六员，四品官，每人辖五百人，一切军需物资皆由噶夏政府发给。