泰昌帝突然驾崩后，朝廷于仓促之间急忙着手新天子的即位工作。
各派人物纷纷登场，争执重起。
九月初一日天刚亮，泰昌帝驾崩于乾清宫。
当时，其宠妃李选侍与心腹太监魏进忠(即后来的魏忠贤)试图把皇长子朱由校挟持在乾清宫，与朝廷官员讨价还价。
当群臣要进宫入临时，宫中的宦官们竟然推推搡搡，不让入内，气得给事中杨涟大声斥骂。
大臣们最终还是进入了乾清宫，依礼哭拜了泰昌帝，却发现皇长子朱由校不见踪影。
大学士刘一燝追问皇长子下落，乾清宫上下无人应答。
刘一燝情急之下，声色俱厉，高声呼喊：谁敢匿新天子者!这话当然是说给里面的李选侍听的。
这时，有一位叫王安的太监想了一计，打破了僵局。
他是泰昌帝做太子时的伴读，历来与外廷关系不错。
他见此情形，便走到里面去见李选侍，并骗过李选侍，一把抱起皇长子朱由校，拔腿就向乾清宫门外跑去，群臣一看人已到手，也跟着王安跑。
宫中的宦官们一看情况不妙，急忙追赶，在宫门处扯住王安的衣服，要求把皇长子送回宫中。
杨涟大声呵斥，与宦官周旋，刘一燝和其他人则乘机把皇长子塞入辇中，急匆匆赶到文华殿。
文华殿内，群臣都在急等消息，见皇长子驾到，一片跪倒，口呼万岁，行君臣大礼。
礼毕，群臣们就为新天子即位问题展开了激烈争论。
有人认为此日午时就可即位，有人提出等到初三日即位。
而护驾出宫出力最多的杨涟，则不同意仓促即位。
他说：今海宇清晏，宫内也无嫡庶争夺之嫌。
老皇帝才死，尚未入葬，丧服临朝也不合礼制。
针对有人提出新天子登基则天下人心安定的说法，杨涟反驳说：天下安与不安，不在于新天子即位的早晚。
只要处之得宜，问题也不大。
最后，杨涟的意见占了上风，群臣们决定，另择吉日登基。
但为防止皇长子落入李选侍手中，皇长子不回乾清宫，而是去慈庆宫居住。
杨涟自以为此事处置得当，没想到被太仆少卿徐养量、御史左光斗劈头盖脸臭骂了一顿。
他们连声严责杨涟不速立新君，是误了大事。
他们指着他的鼻子骂道：如果事情出了什么差错，你死后的一百多斤够天下人吃吗?杨涟这才意识到事态严重。
其实，杨涟与左光斗，同是东林党人，后来也同列为东林前六君子，惨遭魏忠贤的毒手。
左光斗之所以要如此严责杨涟，正是害怕夜长梦多，新君即位遇到麻烦。
左光斗的担心，有想象的成分，但也有事实的根据。
当时李选侍仍居乾清宫，控制着宫中的局面。
廷臣凡有奏章，必先进乾清宫，由李选侍过目，然后才能再到慈庆宫皇长子朱由校手中。
对这种局面，许多大臣感到不安。
性格刚烈的御史左光斗更是忍无可忍。
他上了一个措词激烈、言语刻薄的奏疏，要求李选侍立即移出乾清宫，到她该去的哕鸾宫去。
左光斗说：内廷有乾清宫，犹外廷有皇极殿。
只有天子可以居住，也只有皇后和天子可以共住。
其他妃嫔，虽可以依次进御，但不可以常住。
这样做不仅是为了避嫌，也是为了区别尊卑。
然后，左光斗话锋一转，直逼李选侍：选侍既非皇长子嫡母，又非生母，没有名分，却至今不早作决断，搬出乾清宫。
这是借抚养皇长子之名，行干政专制之实。
武后之祸，将再见于今日。
将来之后果，不忍道出!左光斗这份奏疏，淋漓尽致，毫不掩饰，气得李选侍派员宣召左光斗进宫严责。
偏偏左光斗不买账，说什么我是天子法官(御史)，非天子召不赴，你们算什么?丝毫不给李选侍面子。
大学士中，刘一燝支持左光斗，而首辅方从哲则认为这种事能缓即缓，不必如此急迫。
到天启帝正式登基前的一天，杨涟再次上疏，指责李选侍明托保护幼主之名，阴图专权擅政之实，并要求李选侍立即移宫。
内阁学士刘一燝、韩爌，拉着首辅方从哲，要求皇长子立即降旨移宫，并站在宫门外等旨，大有逼宫之势。
李选侍被逼得没法，只好乖乖地去哕鸾宫。
皇长子随即移回乾清宫。
哕鸾宫是打发妃嫔宫女了却残生的地方，与冷宫无异。
李选侍年纪轻轻，自然不肯去这样的地方，所以她开始时要临终前的泰昌帝封她皇后，后又要挟持幼主，目的就是想留在待遇较好的宫中，倒未必就是像杨、左之流所说的那样，要驾驭朝政。
只不过李选侍做事，总有点胡搅蛮缠，结果给外廷抓住了把柄。
话又说回来，像李选侍这样的女性，年纪轻轻，毫无经验，满朝大臣都明着欺负她，她除胡搅蛮缠之外，又能有什么别的办法?天启帝终于正式登基了。
为了年号问题，也曾有过一番争执。
泰昌帝即位时，曾议定第二年启用泰昌新年号，没想到泰昌帝即位仅一个月，就撒手归天。
新天子天启帝即位，按理明年就应启用天启年号，但这样一来，泰昌年号实际上就没有位置。
无奈之下，朝臣们想了一个变通之法，即把万历四十八年（1620）的最后四个月算是泰昌元年，到第二年启用天启年号。
这种做法，在历史上也是罕见的。
天启即位之时，朝廷局面还算过得去。
虽然内阁首辅仍是方从哲，但当时被称作是正人君子的东林党人，以及不少与他们有密切关系的官员，在朝廷中也占据着重要位置，甚至具备一定的优势。
但东林党人并没有利用这一有利机会，树立绝对优势，反而抓住一些鸡毛蒜皮之类的小事，大做文章，闹得沸沸扬扬，到后来连后悔的机会都没有。
左光斗等人仍抓住李选侍的问题不放。
李选侍移宫时，手下人大概顺手牵羊，从乾清宫中盗走一些宝物，被发觉后交法司严办。
一时宫中人人自危，谣言四起，说李选侍被逼得要上吊，皇八妹(选侍之女)要跳井云云。
御史贾继春很是看不过去，便上书内阁，对朝廷的这种做法提出批评。
他说：新天子刚刚即位，不应诱导他违忤先帝之意，逼迫庶母(指李选侍)。
先帝尸骨未寒，而其妻女却已不保。
因事及移宫，左光斗、杨涟坐不住了，立即纷纷上书，论争由此再起。
天启帝回想起李选侍凌辱其生母、要挟先帝册封皇后，以及妄想垂帘听政诸状，不禁火冒三丈，当众历数其恶，并严责贾继春，闹得朝廷一时沸沸扬扬，不得安宁。
作为首辅，方从哲的做法就跟左光斗、杨涟不太一样。
在他看来，处理这类事情，大可不必如此。
因此，他从一开始就反对杨涟、左光斗那种逼李选侍移宫的做法，后来更是反对天启帝公布李选侍的罪状。
从其位置来看，方从哲的做法也是可以理解的。
但东林党人绝不会同意!他们认为，方从哲的做法，是非不分，善恶不辨，是贪恋权位!因此，在移宫之事平息后不久，他们又抓住泰昌帝的死因，大做文章，重提红丸案，把矛头直指方从哲。
所谓红丸案，就是要追究泰昌帝猝死的治疗责任。
泰昌帝从起病到驾崩，时间很短，而且在去世前曾服用了两粒红丸，导致病情迅速恶化，所以东林党人纷纷指责这是误诊误服，要追究所谓的医疗责任。
其实，泰昌帝服用红丸的经过是许多人都知道的，而且也是泰昌帝自己点名要服的。
八月初十那天，泰昌帝已感不适，召御医诊治。
到十四日，内侍崔文升进泻药去火，泰昌帝服用后，一昼夜泻了三四十次，病情恶化。
京师一时纷纷传言，说这是郑贵妃指使的，是想谋害泰昌帝。
于是给事中杨涟、左光斗与吏部尚书周嘉谟逼郑贵妃移宫，使其不能插手治疗，并要求首辅方从哲查办崔文升，督察御医慎重下药等等。
首辅方从哲也都一一照办了。
但问题还是发生了。
鸿胪寺丞李可灼本无医术，但不知从何处找到一个偏方，说可以医治皇帝龙体。
第一次进药时，被首辅方从哲拒绝。
但李可灼仍通过宦官把这件事告诉了泰昌帝。
泰昌帝在临终前一天的晚上召见大臣时，就问首辅方从哲：鸿胪寺进药者安在?方从哲当然不敢说泰昌帝是病急乱投医，只能说鸿胪丞李可灼自称有仙方，但臣等不信，没让他进药。
泰昌帝坚持要李氏进药，大臣们不放心，商议再三，决定让两人先试服，结果是一人益一人损，没有把握。
正在犹豫之际，泰昌帝坚持服下了第一粒红丸。
服下以后，泰昌帝感觉良好，并连赞李可灼是忠臣。
但第二粒服下后，病情逆转，到第二天清晨就归天了。
从治疗过程来看，以方从哲为首的大臣们还是十分谨慎的。
至少方从哲本人是没有什么把柄可以给人抓到的。
给皇帝治病，历来是件棘手的事。
按理说，皇帝是半人半仙式的人物，本应万寿无疆，而不会像凡夫俗子那样食五谷、生百病的。
但事实上，即使是皇帝本人，也知道这是骗人的把戏，皇帝也一样会生老病死。
但皇帝生病，毕竟与凡人不一样。
首先是生了病不能讲，至少是不能随便讲，甚至是明知有病却还要故意讲些万寿无疆之类的谎话，遮人耳目，以免动摇人心。
其次是没人敢主动去治，但被点到后也没人敢不去治。
治好了自然有功有赏，但治坏了甚至治死了更是担当不起的罪名。
所以给皇帝治病时都要组成一个班子，由官员和太医组成，共同承担责任。
在具体诊治时，更是议了再议，先求平安无事，绝不冒险。
方从哲自然深晓此事关系重大，绝不会乱来。
或许是泰昌帝也深知其中原委，求治心切，所以自作主张，先服崔文升进奉的泻药，后又坚持要服李可灼的红丸，导致病情恶化而猝死。
所谓仙丹红丸，极有可能是用道家方法炼出来的一种红汞化合物，一般呈红色，有微毒。
这种药物在当时是一种可治百病但实际上什么病也治不好的东西，服多了会引起慢性中毒。
李可灼身为鸿胪寺丞，并不是御医，本不应该去进什么药。
他或许是邀功心切，或许是忠心可嘉，硬是进奉此药，没想到不仅没有神效，反而惹下此祸。
但细论起来，李可灼也没有多大罪责，药是泰昌帝自己要吃的，服完以后还称赞李可灼是忠臣。
况且泰昌帝要服药时，不仅方从哲在场，其他大学士如刘一燝、韩爌，尚书周嘉谟、李汝华，侍郎孙如游，都御史张问达，给事中杨涟，英国公张惟贤等人也在场。
服药之事，众目共睹，没有什么可说的。
或许正是出于大局安定方面的考虑，首辅方从哲决定承认既成事实，不去无限上纲，追究什么责任。
开始时，他拟旨给那位进丹药的李可灼白银50两，算是奖励，同时息事宁人。
但很多人对这种处理很不满意。
御史王安舜首先弹劾方从哲，说他先是轻荐狂医，后又赏其银两，自掩罪行。
方从哲无奈，只得重新处理，改罚李可灼俸禄一年。
不久，御史郑宗周弹劾那位进泻药的崔文升，要求把他移送法司治罪。
方从哲认为此举太过，便改由司礼监处理。
没想到此举引起了朝臣的群起攻击。
御史马三元、焦源溥、郭如楚，给事中魏应嘉、太常寺卿曹珖、光禄寺卿高攀龙、主事吕维祺等等，纷纷上书，说崔文升、李可灼罪该万死，而方从哲竟然徇情包庇，国法何在?给事中惠世扬则撕破颜面，直言方从哲有十大罪状，可杀三次。
在这种情形下，方从哲再也无法在首辅的位置上呆下去了。
到这一年的十二月，首辅方从哲经六次请求，最终获准致仕。
方从哲的时代结束了。
他从万历之末开始独秉朝政，至今仍有不少人认为，方从哲要对这一时期的所有过失，甚至明朝的灭亡，负主要责任。
其实，这多少有点委屈。
方从哲作为内阁首辅，自然要对当时的许多事情负责，但不应负全部责任。
大明帝国那时已是穷途末日，任何人也难以扭转乾坤。
方从哲之后，东林党人一度纷纷掌权，在朝廷中占有相当的优势，但时局也并没有好转，反而更加恶化。
在天启三年（1623）六月东林党人杨涟首劾魏忠贤二十四大罪状，与魏忠贤及其阉党公开冲突以前，东林党人及其支持者在朝廷中占有相当的优势。
遗憾的是，东林党人并没有抓住机会，控制住局势。
他们在许多问题的处理上，并不是很恰当，不仅被人抓住了把柄，而且引起了朝廷的混乱。
同时，他们对当时日益强大的魏忠贤，也没有采取断然的有效措施，予以扼制，到后来终受其害。
在叙述这些以前，须讲讲天启初年辽东的局势以及几次内乱。