在许显纯编造的供状上，杨涟、左光斗是各受熊廷弼贿白银20000两，魏大中是3000两，袁化中是6000两，周朝瑞是10000两，顾大章最多，达40000两。
这样的数目，是许显纯精心设计的。
魏大中之所以只有3000两，是因为魏大中曾力主要定熊廷弼战败之罪，定多了不行。
而顾大章之所以要定40000两，也是因为他曾力保过熊廷弼，不然何必如此?除上述6人之外，供状还涉及赵南星等15位东林党人。
这纸供状最后自然要传到天启帝手中。
天启帝见到此状时的心态也是可以想象的。
你们这些东林党人，在朝在野时都口口声声仁义道德，骂遍朝廷，没想到却是这种东西，不重治怎么得了?于是，天启五年（1625）六月，杨涟等6人被下了诏狱。
赵南星等15人被削了籍，削籍是刑事处罚以外最重的处罚，对文官而言，削籍意味着永不起用。
另外，这些人仍要被追赃。
在天启帝看来，既然受了贿，就要吐出来。
这一招更毒!因为他们本来就没有受贿，家境也多不富裕，哪来这么多钱退赔?这最终苦了他们的家里人。
既然进了诏狱，杨涟等六人的生死只能听天由命了。
按制，诏狱由北镇抚司主管。
在这里，审讯不受正常司法程序的制约，而只对皇帝负责。
既然只有皇帝认为有罪的人才会入诏狱，那么这些人肯定就有弥天大罪，不审就可杀之。
但为了印证皇帝的英明，一般还是要审一审，让这些人自己说出自己的罪行来，或许皇帝还会宽恕待人，给予悔过自新的机会。
假如不识抬举，那么，诏狱也有办法对付。
譬如说它除了枷和立枷之外，还有许多著名的刑具，常用的就有械、镣、棍、拶子、夹棍五种。
另外，其刑罚也别出心裁，十分厉害，如昼夜用刑、琵琶、梃棍、烙铁、一封书、灌鼻、钉指之类。
这些虽不是明代的专利，但也足以证明明代并不像后人所认为的那样已缺乏想象力。
正因为如此，明代被投进诏狱的人，几乎都是两种结果：低头认罪或自取灭亡。
杨涟、左光斗等这6位东林党人，虽有铮铮铁骨，却也无第三条道路可供选择!杨涟等进了诏狱，许显纯自然要重点照顾，不会心慈手软，但没想到这6位东林党人就是不招。
据说左光斗被打得皮开肉绽之后，突然灵机一动，想出一条脱身之计。
他对另外几位说：许显纯辈，要杀我们，办法不外两个：如我们不承认纳贿，则继续用酷刑，直到被折磨至死，此为一；或者乘夜深人静之际，悄悄派人进来把我们杀掉，此为二。
但如果我们暂时承认受了贿，则按例应当移送到法司审讯，这样一来，我们或许还有见天之日，可以侥幸不死。
其他的人听了，也觉得有理，竟先后承认了自己的罪行。
他们到这时候仍抱幻想，认为只要承认了罪行，或许皇帝(或魏忠贤)就会放他们一马，改由法司来审讯，说不定还能求得一条生路。
他们就不想想，假如魏忠贤事事照章去办，他们怎么会进诏狱呢?魏忠贤要的就是他们这样的认罪。
不过，魏忠贤却不会放他们一马。
因为他们既然承认受了熊廷弼的贿，那么，他们难道就不会受其他人的贿吗?!说不定还有更多的贿赂被隐瞒了。
既然如此，就应该继续严加追比，尤其对这些不见棺材不掉泪的人。
严加追比就是继续拷打。
魏忠贤令许显纯继续对他们用刑，及时汇报案情。
此时，左光斗等人才知上当，大错特错了。
至此年七月，左光斗、杨涟、魏大中就惨死狱中。
杨涟死状最为惨烈，死时身上压着装满沙土的重囊，一根长长的铁钉穿耳而过。
左光斗、魏大中死时也是体无完肤，面目全非。
过了3天，狱中才报出死讯，3人的尸体已经腐烂，很难辨认出谁是谁了。
至八月，袁化中、周朝瑞也在狱中毙命。
最后只剩顾大章一人未死，但也并不是他有什么法术，而是因为诏狱的人怕六人全都打死，影响不好，才把他留下移给法司审讯定罪。
没想到天启帝最后仍要把他移回诏狱再审。
顾大章实在是怕再回那个地方，与其死在那里，还不如自行了断，于是便上吊自杀，求得解脱。
这6位在京师诏狱中受苦，他们的家人也在外面受尽折磨。
杨涟被逮捕时，士民数万，拥道呼号。
囚车所过村庄市镇，都焚香设醮，为他祈祷。
杨涟死后，家产被没收充公，总数不足白银千两。
老母、妻子无处可栖，由两个儿子乞讨求食供养，官府还要不断催逼杨涟的赃款，引起了广泛同情。
左光斗死后，地方官对其家族严加追比，其兄左光霁被逼死，其母悲泣而死，整个家族尽破。
魏大中的儿子魏学洢，暗中随父至京师，救父不成，扶柩而归，昼夜哭号，绝食而死。
做忠臣的代价实在是太大!这大概也是人人都说忠臣好，但又没有几个人真正去做忠臣的原因吧。
魏忠贤的做法，实在是令人发指。
甚至在他的党羽中，也有人觉得太过分了。
像魏广微，本是名臣之后，却投了魏忠贤，做上了内阁大学士。
杨、左之狱，他开始也积极参与。
但当吏部尚书崔景荣看到诏狱连连杀人时，心中不安，便要魏广微出面上疏制止。
魏广微便上了一疏，表达了自己的看法：杨涟等人今天尽管是有罪之人，但从前也是朝廷命官。
即使赃私之事确实，也应转付法司，依据律令定罪，而不应该令镇抚司如此严刑追比。
他这种良心发现式的建议，魏忠贤自然很不爱听，而且很生气。
结果是吏部尚书崔景荣立即被罢免，魏广微也很快下了台。
从后来的情况来看，这两人反而是因祸得福，没有继续助纣为虐。
可见魏忠贤的爪牙虽全是恶人，但恶人之中，也有稍善之人。
有些人今日仍是爪牙同伙，明日却可能变成被排挤的对象。
恶人作恶，各人因情况不同，其作恶的程度、分寸也会有所差异。
魏广微等人已觉得差不多了，魏忠贤等人却认为才刚刚开始。
结果是前者必然被淘汰。
正如魏忠贤用天启帝的口气所说的那样：朕方率循旧章，而曰朝政日乱；朕方祖述尧舜，而曰不大相侔。
意思十分明确，即祖宗之制刚刚恢复，尧舜之治也将开始，你们却说什么朝政一日乱于一日，违反祖宗之制，不合帝王之道，真是岂有之理!魏忠贤当然要一步一步继续走下去!不久，前辽东经略熊廷弼，被斩首并传首九边。
而直接导致辽东惨败的巡抚王化贞却没有同时被斩。
不仅如此，御史梁梦环检举说熊廷弼贪污了军饷17万两，至于他是怎么核算出这个数字的，那就不得而知了，因为熊廷弼的账本早就毁在广宁。
不过这已无关紧要了。
另一位御史刘徽紧接着就检举熊廷弼有家资百万，应该没收以充军饷。
因为在他看来，熊廷弼既然仅贪污一项就多达17万两，再加上纳贿之类，说他有家资百万也不为过。
置人于死地重在推理和联想，并依此形成证据，况且熊廷弼这时也不会再开口说话了。
真正受苦的是熊廷弼的家人!既然熊廷弼贪污了17万两军饷，铁证如山，那么他的家人就应该退赔出17万两来。
熊廷弼的家产虽然不足17万两白银，但谁又能保证不是被他的家人转移藏匿了呢?因此，他的妻子自然要被凌辱，他的儿子只有用刀抹脖子自杀。
而他儿子的畏罪自杀，更证明上述推论是合理的，追赃必须继续。
这下该轮到熊廷弼的姻亲族人倾家荡产了。
当然，也有人要为熊廷弼鸣不平。
武弁蒋应阳，竟然要为熊廷弼喊冤，结果，被立即处死。
太仓人孙文豸、顾同寅，作诗讽刺，也被以诽谤罪处斩。
其同乡长洲人陈仁锡(编修)、文震孟(修撰)也受株连被削籍。
天启五年（1625）十月，辽东督师孙承宗被罢免，高第代之为经略。
孙承宗这位带有东林党色彩的主帅，在辽东经营得不错。
他在山海关外，先筑宁远城，进而守锦州、右屯、大凌河(即关外三城)，开屯田5000顷，起用名将袁崇焕，基本上稳住了阵脚。
但他与魏忠贤不是同路中人，魏忠贤虽要用之守边，但始终不太放心。
至此，魏忠贤才下决心让其下台，代之以自己的心腹兵部尚书高第。
高第胆子比较小。
据说他得知自己被委以重任后，吓得放声大哭。
到前线后，他首先下令关外军民放弃堡垒，撤到山海关内来。
在他看来，孤零零的几个堡垒，怎么能守得住?还不如自己撤退。
一时间，锦州、右屯、大小凌河、松山、杏山、屯山全部放弃，十余万石粮粟弃于空城。
关外军民被强行驱赶入关，一路上死伤无数，哭声震天。
亏得当时的宁前道袁崇焕坚决不肯撤退，保住了宁远孤城。
也正是这座孤城，后来抵住了努尔哈赤的猛烈进攻。
努尔哈赤也因此急愤交加，病发而亡。