大明帝国步入崇祯时代，面临着许多严重的困难，真可说是到了百废待兴的关键时候。
这里仍先说中央朝廷政治，其他如外敌、内乱等，留在后面再论。
魏忠贤等人虽在肉体上被彻底消灭，他的骨干党羽们也被纷纷削职惩处，但魏忠贤的阴影仍笼罩在朝廷之上。
朝廷对魏氏集团的清算，到底要做到什么地步，仍是亟待解决的大问题。
原先与魏忠贤有些瓜葛的人，此时仍有不少位居要职。
他们此时的目的很明确，就是让魏忠贤一案到此为止，不要再深挖下去了，表面上说是稳定人心，实际上还是怕牵连自己。
为了达到这一目的，他们一方面大造舆论，另一方面也竭力阻止东林党人的复出。
他们深知，只要东林党人复出，朝廷局面就会立即改观。
因为东林党人吃魏忠贤的亏太大了，复出后肯定还要继续深究，而且肯定要牵连到与魏忠贤有瓜葛的朝中大臣。
那位首先跳出来弹劾崔呈秀的云南道御史杨维垣，此时就力主魏案到此结束，同时竭力阻止东林党人复出。
用他的话来说，就是东林党人与魏忠贤、崔呈秀等人也差不多，都是邪党。
不能因为魏忠贤主持局面、迫害过东林党人，就能证明东林党人不是奸党。
东林党这个前朝钦定的案子不能翻!对魏忠贤之流，此时大概已没人会笨到去帮他们讲话的地步。
事情明摆着，谁讲谁沾腥，魏逆爪牙之类的帽子正愁没人去戴!但对东林党人，情形就不同了。
被迫害致死的骨干分子前后也只有十几位，而大批被打击的东林党人虽都被削职，但人还在，心也未死。
虽然此时他们还没有重大的发言权，但他们的许多同情者自然会为他们出头说话。
崇祯元年，终于有一位叫倪元璐的京官出头为东林党人说话了。
倪元璐，浙江上虞人，天启二年（1622）壬戌科进士，被授翰林院庶吉士。
崇祯即位后，升为编修。
这位倪编修看不惯杨维垣的这种做法，便给崇祯帝上了一疏，为东林党辩护。
他说：今世界已清，而方隅未化；邪氛已息，而正气未伸。
这两句话掷地有声，画龙点睛。
然后笔锋一转，指出东林党人与魏忠贤、崔呈秀的本质区别：现在攻击崔、魏者，都把他们与东林并称为邪党。
如果称东林为邪党，那么魏、崔之流又算什么?魏、崔既是邪党，那么抗击魏、崔的东林岂能算作是邪党?东林是天下才薮，错在过于刻薄，但绝不是狂狷邪党。
倪元璐接下来的话，对有些人就不那么中听了。
他说，读书人处世立身，宁可矫激，也不能忘廉耻。
如果以假借、矫激为大错，那么就会有人公然背叛名义，忘却廉耻，所以会有天启年间那种天下为魏、崔歌功颂德的场面。
而大家还自我安慰，说什么无可奈何，不得不然耳。
正是这种无可奈何、不得不然之心，造成了天启年间无所不为的局面。
现在朝廷竟能原谅这些随波逐流之辈，却不肯替那些刚正不阿的东林党说句公道话!最后，这位倪编修竟敢点出别人不敢说出的关键，把话说白了：经过天启大狱，幸存下来的东林党人实在难得。
皇帝多次说要酌情起用这批人，而当事者却不肯为东林党人翻案，不肯让他们复出。
这种做法是怕东林党人复出后报复吗?!如果有这样的想法，则我认为是过虑了。
那些借东林之案而媚崔、魏的人，近来已纷纷落败，难道还要等到东林党人复出后来报复!?那些原本不附崔、魏，并为击败崔、魏出过力的人，实在是难能可贵。
对这些人，即使东林党想要报复，也报复不到!倪元璐的胆子是够大的!他竟敢第一个跳出来，为东林党这样的钦定逆案公然翻案。
让人听了心惊胆战。
崇祯帝当时看了他的奏疏后，就不太高兴。
此时的崇祯帝，正为自己一举粉碎崔、魏集团的英明果断而沾沾自喜，天下臣民也是赞颂不已，而这位倪编修竟说什么现在是方隅未化、正气未伸，大有藐视明主之意，这还了得。
崇祯帝被泼了一头冷水，当然很不高兴。
他给倪编修的奏疏下了一个结论，说是持论未当，并批评倪元璐说：朕屡屡下旨，秉公斟酌，起用官员，有什么方隅未化、正气未伸?！崇祯帝这样的态度，也自有他的道理。
皇兄天启帝临终前谆谆叮嘱，要他重用魏忠贤之流。
而自己却在皇兄尸骨未寒之际，把魏氏之流一网打尽。
在他看来，已是不易，再搞下去，范围不仅越来越大，涉及的人也势必越来越多。
更麻烦的是，魏忠贤所做的事，都是借天启帝的名义，现在用魏忠贤等人去充当替罪羊，还勉强过得去，但要再深究下去，天启帝大概也脱不了干系。
别人就要说闲话了。
况且，在崇祯帝眼里，东林党人也算不上什么好东西。
正因为如此，崇祯帝此时不太愿意再有大举措。
对东林党人，他不愿予以彻底平反，仅是免去仍然欠着的赃款，释放被株连的家属。
对那位很有可能是受东林余孽指使而出面攻击首辅黄立极的山阴籍监生胡焕猷，崇祯帝也下令把他除名，以示警戒。
在崇祯元年（1628）正月，崇祯帝还下令册封天启帝的皇后为懿安皇后，也多少有点安抚未亡人的意思。
倪元璐的奏疏还令许多人不安。
在当时朝廷之中，许多人都与魏忠贤集团多少有点瓜葛。
九千岁，大家都跟着喊过，生祠，大家也都去拜过，不少人甚至还走过魏忠贤等人的路子，这叫做无可奈何，不得不然。
现在事情过去了，一切往前看，不要再纠缠这些说起来令人难堪的往事了，大家相安无事算了。
这是当时许多人的共同想法。
而倪元璐竟又重提旧事，这不是挑起事端，破坏朝廷的安定团结、同舟共济吗?所以很多人开始感到不安。
大学士施凤来给皇帝拟旨时，第一条就称倪元璐持论未当。
杨维垣更是上疏指责倪元璐说：词臣(指倪氏)持论甚谬，生心害政可虞!这位杨维垣也是犟脾气，后人对他的评价不高，就是因为他在这方面的表现。
魏忠贤时代，是他力主修《三朝要典》，把东林党人彻底打倒。
崇祯上台后，他又首劾崔呈秀，高举倒魏旗帜。
现在他又跳出来，要维持旧局。
当时朝中，与魏忠贤有瓜葛的大有人在，而他却偏偏要跳出来出头，招来一身是非。
他的所作所为，固然考虑到他自身的利益，但也与他的性格有关。
大概正因为如此，当后来清军攻破南京时，这位当时已是被人不屑一顾的魏氏余孽，竟也自杀为朝廷尽忠!他的表现并不比那些正人君子差，甚至还比其中的一些好。
你说他是忠臣还是奸臣?说不清!偏偏倪元璐也是犟脾气。
他不服!他竟再次上疏抗争。
在他的第二疏中，倪元璐笔锋犀利，用词刻薄，把历史老账全给抖了出来，弄得许多人下不了台，真有点骂人揭短、打人上脸的味道。
倪元璐的第二疏内容过多，不能一一列出。
这里只能择其要者，录出一二。
倪元璐很聪明，他首先声明上次的奏疏是针对杨维垣而发，言下之意就是说并不是针对皇帝的，他也不敢。
然后他开始逐条反驳：圣上说分别门户，已非治征、化异为同、天下为公。
而第一个提出孙党、赵党、熊党、邹党之说的正是杨维垣。
因此，陛下于方隅无不化，而维垣实未化；陛下于正气无不伸，而维垣不肯伸。
杨维垣指责我盛赞东林，理由是东林曾推选过李三才，也拥护过熊廷弼。
殊不知东林中也有力击魏忠贤的杨涟、首劾崔呈秀的高攀龙之类的人物!魏氏穷凶极恶，杨维垣竞口口声声称厂臣公、厂臣不爱钱、厂臣为国为民，那么东林人推选李三才，则何罪之有?至于熊廷弼行贿之说，实是魏忠贤用来诬陷清流，迫害杨涟、左光斗的借口，天下无人不知，而杨维垣犹因循旧说!。