既然杨鹤的招抚政策已彻底失败，那么崇祯帝便依照其一贯作风，在拿杨鹤作了替罪羊之后，另找出路了。
崇祯帝在崇祯四年（1631）十月正式任命洪承畴为陕西三边总督，以武力剿灭义军。
此时，崇祯帝对陕晋的义军已是恨之入骨，希望洪承畴把他们迅速赶尽杀绝，以使朝廷全力对付后金的威胁。
洪承畴忠实地执行了崇祯帝的策略。
洪承畴，字亨九，福建泉州府晋江县人，万历丙辰科(万历四十四年，1616)进士。
他23岁就督学浙江，后被提拔为陕西参政，是一位年少老成、有谋有略的能干之才。
洪承畴在陕西出名是在崇祯三年（1630）。
当时，王左挂、苗美等率兵分列五营，南下进攻韩城，总督杨鹤手下无将，情急之下，令当时尚是参政的洪承畴率兵进援，斩杀叛兵300余人，解了韩城之围，洪承畴一下子出了大名。
从此以后，他开始率兵打仗。
由于他有谋有略，而且长期在陕西为官，熟悉陕西情形，所以他的部队在陕西打得不错，并赢得了不少声名。
就在此年的六月前后，因原延绥巡抚张梦鲸被义军的凶猛之势惊吓而死，洪承畴一跃而升任延绥巡抚，成为地方大员。
从此以后，洪承畴更是卖力，而且心狠手辣，胆大心细，做事利索。
到了崇祯四年（1631）十月，已深得崇祯帝信任的洪承畴，在杨鹤被捕以后，便顺理成章地代替杨鹤，升为陕西三边总督。
升任总督后的洪承畴，忠实地执行崇祯帝的政策，加紧了对陕西义军的残酷围剿，发起了前所未有的攻势，几乎是连战皆捷。
陕西的形势开始好转。
崇祯帝开始尝到剿的甜头，全力支持洪承畴。
崇祯五年（1632）春，洪承畴留饷20万，遣甘肃总兵杨嘉谟、固原总兵杨麟、临洮总兵曹文诏、延绥总兵王承恩、宁夏总兵贺虎臣等，各率其部，大举进剿陕西义军。
洪承畴首选的攻击目标是宁塞遗贼。
他们本都是神一魁的部众，是当时陕西境内最大的一股义军，首领是红军友、李都司、杜三等。
他们与环庆的民变首领郝临庵、刘六合兵，屯驻在镇原(今甘肃镇原)，兵势很盛。
在官兵的强大压力下，镇原的义军顶不下去了，便退守东西川、铁角城、芦堡垒等地，利用险要地势拼死抵抗，并威胁庆阳，寻机突围，试图杀入平凉府，借道突入凤翔府。
陕西巡抚练国事，急令固原(今甘肃固原)兵备王镇奇守住各隘口，令平府守备徐如翰守住泾州(今甘肃泾州)各关口，防止义军外逸。
同时，总督洪承畴立即从鄜州(今陕西富县)赴庆阳，指挥会战。
当时，曹文诏率临洮兵，贺虎臣率宁夏兵也赶赴增援。
双方在镇原之北的西澳展开激战，前后数十次。
义军吃了大亏，首领杜三、杨老柴被斩杀，兵卒被杀数千人。
战役以官军全胜而结束，朝廷称之为西澳大捷。
西澳大捷后，洪承畴等率兵乘胜进击。
不久，洪承畴设伏斩杀不沾泥。
曹文诏则设反间计除掉红军友，后于环庆击败可天飞、李都司，于耀州击败郝临庵等。
在洪承畴的强大攻势下，宁塞之众基本上被打下去了。
至崇祯六年（1633），延绥巡抚陈奇瑜继续分遣诸将，搜剿余众，至此年底，陕西的局势基本上被稳住了。
但陕西局势的好转，并没有让崇祯帝及其朝廷松一口气，因为山西的问题已越来越严重了。
山西的动乱，虽有本身的原因，但更多的是因为陕西的影响。
崇祯三年（1630）春，陕西的义军如老回回马守应、八金刚、王子顺、上天猴等部，分兵两路杀入山西北部。
其后，王嘉胤、罗汝才、张献忠、李自成等也纷纷渡河，进入山西。
同时，入援京师的陕西五镇兵马，临阵哗变，纷纷逃回山西等地从乱入伙。
山西的局势一下子严峻起来了。
当时山西境内的义军，主要分成两路。
一路以西南部的平阳(今山西临汾)为中心，一路以府谷(今府谷，在陕晋交界处)为中心。
尤其是王嘉胤部，以府谷、河曲为据点，分兵转战各地，西南攻至延安、庆阳，并杀入山西焚掠，声势浩大。
这股义军人数增至3万余人，将领百人，并设有左丞、右丞等官职，下辖自号闯王的高迎祥等一大批干将。
山西当局对于这些乱民的态度很坚决，就是武力剿灭。
至崇祯四年（1631）四月，当时尚是副总兵的朝廷悍将曹文诏等，利用杨鹤大肆招降各路义军的有利时机，率重兵围攻驻守在河曲一带的王嘉胤部。
曹文诏用重兵围困河曲，断绝其粮饷供应之道。
王嘉胤缺粮之下，突围而出，向南冲杀。
曹文诏一路紧追，再败之于阳城(今阳城)。
此年六月，王嘉胤被部将王国忠所杀。
当时的形势似乎对朝廷很有利。
在陕西方面，杨鹤招抚了神一魁；在山西方面，曹文诏等解决了王嘉胤，因此杨鹤曾很高兴地给朝廷上书，说神一魁、王嘉胤两人已除，其他的小首领不过尔尔，消灭他们指日可待。
没想到陕西神一魁降而复叛，山西的义军也没有因王嘉胤之死而彻底垮掉。
他们经一度低潮之后，又重新集结起来，大搅山西。
王嘉胤死后，其部众并未溃散，而是重新选举左丞紫金梁(王自用)为首领，重树旗帜。
王自用与各路首领深感相互联络的重要性，于是各部众共推王自用为首领，会合闯王高迎祥、扫地王、邢红狼、八大王张献忠、黑煞神、曹操罗汝才、乱世王、闯将李自成、闯塌天刘国能、满天星、老回回张守应、李晋王、党家、八金刚、混天王、蝎子块、点灯子赵胜、不沾泥张存孟、张妙手、白九儿、一阵风、七郎、大天王、九条龙、四天王、上天猴刘九思、丫头子、齐天王、映山红、摧山虎、冲天柱、油里滑、革里眼贺一龙等部，统称三十六营，约有20余万。
在陕西之乱被平后，三十六营成了反叛朝廷的主力。
山西的战火越打越烈，范围也越来越大。
高迎祥、罗汝才(曹操)、张献忠等分道四出，连陷大宁、泽州、寿阳诸州县，全晋震动。
朝廷急命宣大总督张宗衡移镇平阳，巡抚许鼎臣驻汾州，分路守扼防御。
并派李卑、贺人龙、艾万年等率关中兵赴山西入援。
许鼎臣把此三将调至手下，但张宗衡又以总督的身份，传檄三将由他本人指挥，弄得三将无所适从。
义军乘机占据临县之东的磨盘山(一名连枝山)，并于崇祯五年（1632）九月前后分兵三路：一路据交城(今交城)，窥太原，一路据吴城(今孝义境内)，窥汾州，一路突入沁州(今沁县)，陷武乡(今武乡稍东)、辽州(今左权)等，形势相当危急。
崇祯帝急忙采取应急措施，调兵遣将，对付山西的危局。
昌平镇左良玉被急调赴河南堵截。
左良玉原系辽东名将，虽大字不识一个，但打仗骁勇。
此次因李自成等部从晋城之南突入河南，攻克修武，河南乡绅情急之下，联名上疏朝廷请救。
朝廷便急调左良玉率兵2千余人赶赴怀庆堵截。
李自成、八金刚、过天星等后来虽重新杀回山西武乡，不久攻克辽州，而左光斗却留在了河南，负责河南的防务。
崇祯六年（1633）春正月，曹文诏被赋予大权。
这是一次重要的人事变动。
在此以前，山西的围剿，各自为政，总督、巡抚及各将领之间矛盾重重，无重臣节制。
至此，曹文诏出任山西方面的前线总指挥，负责节制山西、陕西诸路兵马。
曹文诏绝非等闲人物，他是当时陕、晋前线最能干的将领之一。
他是山西大同人，年轻时从军辽东，曾在熊廷弼、孙承宗手下做过军士。
后由袁崇焕提拔，在祖大寿手下任游击。
袁崇焕被逮后，曹文诏也随祖大寿叛逃，后投总兵马世龙，升参将。
辗转回山西围剿农民军后，因功升副总兵、总兵。
他在镇压陕西义军的过程中，屡建奇功，所以当时有一民谣说：军中有一曹，西贼闻之心胆摇。
由此可见他的威望。
事实证明，他出镇山西后，山西的情况有了明显的改观。
崇祯帝还特谕山西各地，要求支持曹文诏等部。
当得知山西有的地方官不与曹文诏合作时，他严旨责成御史弹劾纠察，重重处罚。
此年五月，崇祯帝还命太监陈大全、阎思印、谢文举、孙茂霖等出任曹文诏、张应昌、左良玉、邓玘等四支劲旅的监军，其职掌是记功过、催粮饷。
为此，崇祯帝还发内帑4万两，素红蟒缎4000匹，红素千匹，让这4位太监于军前给赏，以示支持。
曹文诏与部将马科、曹变蛟等人一道，率领逐一挑选、屡经战阵的马步兵3500人，由庆阳出发，经潼关渡黄河，前往山西蒲州、河津，再向山西腹地深入，参加围剿。
曹文诏部，是所有参加围剿的官军中打得最好的一支。
曹文诏在河津经短暂休整后，开赴霍州(今山西霍县)。
在霍州与农民军万余人发生了激烈的遭遇战，曹文诏率领的陕西兵骁勇善战，击杀农民军首领钻天鹞、上天龙。
农民军溃逸。
曹文诏旋即挥师北上，在太原之北展开攻击。
先败农民军于盂县(今盂县)，追击途中，在寿阳(今寿阳)之东北的方山，再次大败农民军，斩杀其首领混世王，其余部为游击猛如虎逐走。
至此，太原之北的五台(今五台)、定襄(今定襄)、寿阳等地的农民军基本被曹文诏肃清。
为保卫太原，山西巡抚命曹文诏移兵平定州(今平定)，备太原之东。
总兵张应昌驻兵汾州(今汾城)，备太原之西。
贺人龙部为游兵，以备策应。
曹文诏便以平定为据点，不断出击，连败农民军于乐平(今昔阳)、和顺(今和顺)、太谷(今太谷)、范村(太谷之东一重镇)、榆社(今榆社)，把在太原附近活动的王自用(紫金梁)、马守应(老回回)部逐走。
曹文诏部继续南下，追击农民军，连败农民军于高平(今高平)、泽州(今晋城)、润城(介于泽州与阳城之间)、沁水(今沁水)、阳城(今阳城)，猛击过天星、紫金梁、老回回等部。
四月底，三十六营领袖紫金梁王自用在河南济源(今河南济源)病死。
原本松散的农民军更陷入各自为战的分散局面，给朝廷的围剿提供了有利时机。