农民军攻击的目标，是南直隶西北部的凤阳等府，即今皖北地区。
凤阳是明王朝的龙兴之地，即明太祖朱元璋的老家。
朱元璋得天下后，曾在这里大兴土木，先后为自己的父母修建了陵墓即皇陵，扩建了自己少年时代当过和尚的龙兴寺，并按南京的规格修建凤阳城，定其为中都。
因此，凤阳对明王朝有特定的意义。
同时，凤阳府也是南京的北方门户，如果凤阳一失，则南京门户洞开，必受兵锋威胁。
如果南京出了问题，那东南赋税重地、半壁江山就很难保住，大明朝的气数也就差不多了。
因此，凤阳一带，无论从哪方面而言，都不应该出任何差错。
令人费解的是，朝廷并没有十分重视凤阳的防守。
本来，朝廷在凤阳设有留守司，以及班军、高墙军、操军和护陵军6千余人。
凤阳巡抚督漕驻淮安，兼护泗陵(皇祖陵)，太监驻凤阳。
但由于承平日久，已无多少战斗力。
早在崇祯六年（1633）冬，当农民军突破黄河南渡河南以后，南京兵部尚书吕维祺就上书朝廷，要求派兵防守凤阳祖陵。
崇祯七年（1634），兵部尚书张凤翼也请饬凤阳抚按加强防守。
崇祯帝曾召谕兵户两部，令淮安巡抚朱大典和杨御蕃扼守南畿和凤阳祖陵。
但总的来说，凤阳的防守仍很薄弱，尤其是负责防护的巡抚杨一鹏、太监杨泽都不得力。
许多人甚至还认为，农民军大概不会杀向凤阳一线。
不幸的是，农民军恰恰选中了朝廷防守比较薄弱的凤阳地区作为主攻方向。
在闯王高迎祥、张献忠等率领下，农民军经河南汝宁，先南下攻破固始，再攻占凤阳府霍丘县。
与此同时，另一支农民军在扫地王的率领下，也攻占了凤阳府的颍州城。
霍丘、颍州的朝廷官员，在农民军面前倒还很有骨气。
霍丘城破时，县丞张有俊、教谕倪可大、训导何炳若以及大豪绅田既庭等，都不屈而死。
颍州被破时，知州尹梦鳌亲持大刀搏杀，后寡不敌众，投城下乌龙潭自杀，其弟、侄7人随之自杀。
通判赵士宽，也率家人参与巷战，后投水自杀。
其妻则带着3个女儿登楼自焚。
当时的颍州城中，还住着一位任过兵部尚书的张鹤鸣。
天启年间，当时担任兵部尚书的张鹤鸣，曾全力支持巡抚王化贞进攻后金而不服从经略熊廷弼的指挥，导致辽东全线败退，张鹤鸣因此丢官返乡。
这次正好被农民军逮个正着。
据说张鹤鸣和他的弟弟张鹤腾被抓到后，态度十分强硬。
农民军便把张尚书倒悬在树上，张尚书仍骂不绝口，最后被杀。
其弟张鹤腾、子张大同也同时被杀。
颍州张鹤鸣大概是农民军在崇祯八年以前处死的最高级别的官员。
说也奇怪，颍州城对农民军的反抗，也十分刚烈。
城破之后，遇难的官绅士庶多达150人，妇女殉节者27人，烈女8人，其忠烈之称，一时独盛。
不过，几天后发生在凤阳城中的情形，就与颍州城很不一样了。
农民军破颍州、霍县后，一部分南下攻入庐州府境，另一部分即杀向寿州(今寿县)、凤阳。
凤阳当时的情形已是很糟糕。
不过这倒帮了农民军的大忙。
本来，凤阳作为龙兴之地，享有特殊的政治地位。
明太祖朱元璋曾予以特殊照顾，在赋役方面给了不少优惠。
但至明末，这种优惠已不复见。
相反，凤阳作为中都，百姓承担的差役、造作多如牛毛，日子几乎到了过不下去的地步。
崇祯四年（1631）十一月，当时任南京礼部右侍郎的钱士升(后于崇祯七年入内阁)，在奉命祭告凤阳皇陵之后，曾向朝廷上疏汇报了凤阳地区衰败的景象：凤阳号称帝乡，但一入其境，只见土地多荒，庐舍寥落，一望萧然。
究其原因，是因为凤阳土地本就贫瘠，在江北属下下之郡。
一遇灾荒，百姓往往向外逃荒。
而走掉的那部分户口本应承担的赋役，就须让留在本地的人承担。
如此恶性循环，结果自然是户口越来越少，荒地越来越多。
所以，钱士升最后要求朝廷对凤阳予以特殊照顾，蠲免凤阳的赋税。
崇祯帝在看过奏疏后，也未有多大反应，只是轻描淡写地批了一句。
他是怕开了先例，各地起而效尤。
当时他正想方设法增加收入，自然不愿接受钱士升的建议。
既然如此，凤阳的局势便不可避免地要恶化下去了。
崇祯七年（1634），凤阳守军曾发生兵变，皇陵卫指挥侯定国被乱兵杀死。
到了崇祯八年（1635）正月，凤阳守备太监杨泽得知农民军已围寿州后，急令留守朱国相准备迎敌，令风阳知府颜容埴领乡兵防守。
这位杨泽，声名不佳，唯财是贪。
凤阳商民对他很是不满，便诉告于巡按御史吴振缨。
吴振缨哪敢得罪杨泽，当然不接受诉告。
群情激奋之下，百姓一拥而至太监署，点火焚烧。
吴振缨则伺机逃脱。
于是，一些极端的百姓便偷偷地赴颍州去接纳农民军。
正月十五日夜，适逢元宵节，凤阳城中依然是仕女如云，笙歌彻耳。
农民军的先头部队约300人，化装成商贾、车夫，悄悄潜入凤阳城中。
突然，城中火光四起，喊声冲天，百姓狂奔，一片混乱。
农民军乘乱占城，大军随后而至。
当时的凤阳本无城墙，无险可守。
城中虽有数千兵马，但根本无法组织抵抗。
留守朱国相、指挥袁瑞征仓促应战而死。
据说农民军首领扫地王、太平王杀入府署，抓到了身穿囚衣混迹于囚犯中的知府颜容瑄，用棍子把他活活打杀堂下。
推官戴文英等6位文官及41位武官，也被处死。
据说士民被杀者多达数万人。
或许是农民军这么多年来一直被追杀，吃足苦头，因此把怒气都发泄到了凤阳，以报复崇祯帝和朝廷。
他们把太祖朱元璋父母的陵墓即皇陵糟蹋得面目全非。
他们放火烧掉了皇陵、享殿以及陵区内的30万棵蟠松，杀掉了守陵太监60余人，把关押在陵区高墙内的罪宗(即犯罪的宗室人员)百余人放跑。
他们放火焚烧城中的公私邸舍2万余间。
龙兴寺也被点着了大火。
一时间，凤阳城内外火光冲天，光照百里之外。
农民军公开打出古元真龙皇帝的旗号，在凤阳地区恣掠3日，大口吃肉，大碗喝酒，过了几天舒心日子，庆祝他们前所未有的胜利。
据说农民军曾在凤阳神祠中占枚问神，得了个下签。
一怒之下，剖神像，拔营而去。
在分兵撤退时，还有一个小插曲。
据说李自成曾向张献忠索要皇陵中那些善拉会吹的小太监，张献忠舍不得给。
李自成一怒之下，便与张献忠分开。
当然，这些记载是否属实，就不得而知了。
不过，从农民军流动作战的一贯手法而言，农民军撤出凤阳地区也是意料中的事。
他们根本不会久留此地。
另外，凤阳沦陷后，周边的官兵纷纷向凤阳进发。
太监卢九德等率川兵3千急驰救援，山东巡抚朱大典也调徐州总兵马、睢州总兵骆举率兵进援。
南京方面也有进兵动作。
农民军绝不会留在凤阳等着官军来进攻。
具体而言，农民军撤离凤阳地区后的主要攻击路线，有这样几路：一路由高迎祥、李自成等人率领，从凤阳府太和县进入河南。
经河南鹿邑、杞县，进入密县山中。
一路由扫地王等率领，攻毫州(今安徽亳县)，走河南夏邑，围归德。
这两支部队后在河南归德地区会师，图谋西入潼关。
一路由张献忠等人率领，杀入庐州府境内，先后攻陷庐江(今庐江)，屠戮巢县(今巢县)、无为(今无为)及安庆府的潜山(今潜山)、太湖(今太湖)、宿松(今宿松)，后遇应天巡抚张国维的抵抗，又杀入湖北麻城，进入河南境内。
张献忠一支，攻掠最凶，南下庐州、安庆两府后，除庐江一城未下外，其余各城无不攻陷，令朝廷无法抵挡。
凤阳失陷的消息传到北京，朝廷上下一片惊慌。
兵部尚书张凤翼接到败报后，大惊失色，几乎要站立不住，晕倒在地!崇祯帝接到中都沦陷、皇陵被焚的消息后，悲痛欲绝。
此日本当开讲经筵，崇祯帝特传旨免行。
他自己素服避殿，亲自赴太庙祭告祖宗之灵，并命百官修省。
凤阳之变在崇祯帝心中留下了难以抚平的创伤。
他在默默承受着朝廷上下各种有形或无形的压力之际，不得不面对列祖列宗，反省自己即位以来的种种举措。
不过，他更希望他的军队能在短期内剿灭农民军，为他报仇雪恨。
为此，他进行了新的部署。
他首先作了人事上的调动。
凤阳被焚，总要有人顶罪。
漕运御史兼凤阳巡抚杨一鹏在劫难逃，后被斩首弃市。
其实，杨一鹏也有点冤。
作为巡抚，杨一鹏因年老多病，是不太称职。
但斩他的罪名，却是他没及时救援，或没有及时从淮安移镇凤阳。
而在这一点上，杨一鹏却没有死罪。
镇守淮安，本是朝廷的规定。
而且杨一鹏事先也征求过朝廷的意见，崇祯帝则明确表示不必移镇。
当然，话虽是崇祯帝以圣旨的名义说的，实际上却是内阁首辅温体仁的意见。
就此而言，朝廷有不可推卸的责任。
与杨一鹏一起被迫究的，还有凤阳巡按吴振缨。
他也被逮下狱，最后充军戍边。
守陵太监杨泽则自知罪孽深重，先畏罪自杀了。
杨一鹏被逮后，由朱大典总督漕运，巡抚凤阳，协同洪承畴围剿农民军。
再发精锐的辽兵3千，由总兵祖宽率领，开赴前线。
同时急令洪承畴加紧围剿工作。
但前线的战事，并没像崇祯帝所迫切希望的那样，有迅速好转的迹象，反而越来越糟糕。
洪承畴依据当时的形势，制定了一个初步的方案，具体布阵如下：四川镇抚所属各部，移驻夔门、达州一线，进援湖广襄汉；湖广抚镇，则分驻承天、襄阳，郧阳巡抚驻郧阳；漕运总督移驻颍州、毫州，进援河南的汝宁、归德；山东巡抚移镇曹州、濮州，向南支持江北江南；山西巡抚移驻蒲州，进援河南灵宝、陕州；陕西巡抚移镇商州，以便策应、调度陕西南部的兴安、汉中诸地；河南巡抚移镇汝州、南阳间；保定抚镇移镇邯郸、磁州一带。
洪承畴的如意计划，是想南北策应，形成一个大包围圈，把农民军困在河南，一举歼灭。
然而，农民军并不会如此听话，留在河南等朝廷来围剿。
他们不久又故伎重演，杀向关中。
就在洪承畴出潼关进入河南后，原先留在河南西部的农民军便乘陕西空虚，杀回陕西境内。
至此，由安徽进入河南的高迎祥、李自成等部，以及由湖北进入河南的张献忠等部，加上原先留在河南的农民军，纷纷杀向河南之西部，并重回陕西境内。