在崇祯十一年（1638）九月至崇祯十二年（1639）三月多尔衮率兵横扫京畿5个多月、大获全胜之后，明、清双方又进入了一个相对僵持阶段。
明朝为扭转形势，全力布防，而清朝则在积极备战，伺机发动新的进攻。
卢象升死后，朝廷先命从陕西前线赶来的陕西巡抚孙传庭代督诸镇援兵，以应付时局。
陕西总督洪承畴赶到后，朝廷进行分工。
洪承畴任蓟辽总督，陕西入援兵马由其指挥。
孙传庭则总督保定、山东、河北军务。
孙传庭为人直爽，敢说敢于，而且在陕西打得也很不错，于是说话便有些失分寸。
当他一赶到京畿前线时，就上书说：近来疆事决裂，由计划差谬。
事竣，当请决大计。
此言自然得罪了杨嗣昌。
杨嗣昌从此对他不满，并开始罗织罪名进行报复，同时支持洪承畴。
可是孙传庭还是敢说敢讲。
当杨嗣昌等决定以洪承畴所率陕兵守卫蓟辽的计划时，孙传庭竟又反对道：陕西兵不能久留于此!陕西贼未彻底剿灭，陕西兵马留此不归，余贼必会死灰复燃。
这是帮了李自成等贼的忙。
况且陕籍士卒妻儿俱在陕西，如久留于边，陕兵必定会哗变逃归，甚至从乱。
这简直就是驱逼官兵从贼!事实上，孙传庭此言很有道理。
如果陕西的兵马不被立即抽空，那么，中原、湖广的局势也不至于会恶化到后来的地步。
有人甚至说，如果不是熊文灿力主抚局，姑息养奸；如果不把孙传庭、洪承畴在大局初定时匆忙抽调出陕西前线，那么，李自成、张献忠之乱决不至于弄到后来那种不可收拾的地步!遗憾的是，杨嗣昌根本不理睬孙传庭的建议。
孙传庭则要求入见皇帝，当面向皇帝汇报。
杨嗣昌担心孙传庭会在皇帝面前说不利于自己的话，于是坚决反对。
孙传庭在愤恨交加之余，便以耳聋为由，上疏乞求致仕。
而杨嗣昌则乘机弹劾孙传庭托疾。
不明缘由的崇祯帝勃然大怒，先是把孙传庭削籍为民，同时令人察核孙传庭是否真的有病。
调查者据实禀报，孙传庭是真聋而非托疾。
但先入为主的崇祯帝却认为其中有诈，竟把调查者和孙传庭一起逮捕入狱。
孙传庭的被捕，对当时的朝廷来讲，真是一大损失!孙传庭一去，洪承畴自然就成了主持辽东战事的主帅。
崇祯十二年（1639）十月，洪承畴以兵部尚书兼副都御史总督蓟辽军务的身份，奉命出山海关至中前所，主持辽东战局。
在此以前，朝廷鉴于清兵入侵京畿如入无人之地的窘境，认为不仅应兵多，更应兵精。
在杨嗣昌的主持下，朝廷决定抽练各镇精兵。
按照方案，宣府、大同、山西、延绥、宁夏、甘肃、固原、临洮8镇，以及蓟辽、保定总督所辖之畿辅、山东、河北等共应练兵73万多名。
同时，朝廷还调整地方政府的官员设置，训练乡兵。
为了练兵，朝廷又不得不另征练饷。
十二年（1639）六月，朝廷正式下令加派练饷730余万两。
这一庞大的计划，在当时的形势下，犹如痴人说梦，根本无法真正实施。
不过，崇祯帝仍希望这一计划能给他带来大批精兵，制虏灭寇，挽回败局。
然而，等到洪承畴出关时，朝廷所练的精兵还不见影子。
好在洪承畴久经沙场，筹划有方。
他一到中前所，就斩杀总监高起潜的亲信千总刘某，虽得罪了高起潜，但倒也整肃了军纪。
他又推荐刘肇基、吴三桂分任都督、都督佥事，其中吴三桂以都督充任辽东总兵，团练宁远兵马。
就在洪承畴调兵布防之际，皇太极也在与群臣商讨下一步的进攻计划。
经过详细讨论，皇太极最终确定先取锦州、再取山海关、然后直入京畿的战略。
崇祯十三年(崇德五年，1640)三月，皇太极命和硕郑亲王济尔哈朗为八旗右翼主帅，多罗贝勒多铎为八旗军左翼主帅，前往距锦州90里处修义州城(今辽宁义县)，驻扎屯田，围困锦州。
四月、五月间，皇太极还两次前往巡察。
至六月，皇太极又命和硕睿亲王多尔衮、和硕肃亲王豪格等率兵前往义州换防。
多尔衮、豪格等接防后：除严密围困锦州城外，还攻占了锦州城西的敌台九座、小凌河西岸的敌台两座。
锦州城中的驻将是祖大寿。
祖大寿是辽东宁远人，他长期戍守辽东，资历深厚。
在10年前的大凌河城之战时，祖大寿曾降过皇太极，不过他又用计脱身，回到了锦州，而且也并没有像他自己承诺的那样，为皇太极夺取锦州城，让皇太极上了一次当。
但他的子侄、兄弟，却有不少在当时就归顺了皇太极，并得以重用。
锦州城被围，自然非同小可。
洪承畴急忙率部将曹变蛟、左光考、导科、吴三桂等以马步兵5万驰援锦州，在黄土台与清兵激战，战败退还。
清兵亦返义州。
洪承畴返回宁远后，又对将领作了调整；把曹变蛟、马科两部遣回关内休整；让左光先返回原镇，由白广恩代之；由王廷臣代替拙于调度的刘肇基。
同时，洪承畴又奏报朝廷，要求调集附近10余万官兵，并请一年粮饷。
崇祯帝也深感事态严重，立即令调兵筹饷，支援辽东。
崇祯十四年(崇德六年，1641)春，洪承畴率曹变蛟、白广恩、吴三桂、王廷臣4位总兵赶赴宁远，并巡视到锦州之南的松山。
面对清兵的攻势，法承畴顿感兵力不足，便又急调蓟镇总兵唐通、宣府总兵杨国柱、大同总督王朴，率兵马赴援辽东。
三月间，大兵云集宁远。
与此同时，清兵也加强了对锦州的围困。
皇太极令济尔哈朗换回多尔衮。
济尔哈朗接防后，浚深濠，筑垛口，设哨探，把锦州城围得像铁桶一般，基本上切断了锦州城与外界的联系。
为了加强攻坚力量，皇太极还把孔有德、耿仲明、尚可喜的部队及所有的神威大将军炮队，调到了锦州前线。
面对清军的咄咄之势，前线主帅洪承畴与后方指挥、兵部尚书陈新甲，就如何应对发生了很大的分歧，并严重影响了战局。
洪承畴一开始就主张可用而后可战之策，即用持久的战略，步步为营，耗其实力，最终拖垮清军，迫其自撤。
当时锦州城虽被孤立，但祖大寿尚能支持，而且他还派人对城外援军传语，称城中粮食足支半年，只是缺乏柴薪，表示了其坚守的决心和信心。
同时，他要求援军不要轻战，而要用车营逼迫清兵等等。
如果能依洪承畴的决策，辽东的局势或许尚不至于弄到后来的地步。
遗憾的是，兵部尚书陈新甲却持相反的态度，他主张速战速决，迅速解围。
或许是因为李自成、张献忠在河南、湖广闹得太凶，而此时的朝廷太需要胜利了，崇祯帝最后竟完全同意了陈新甲的计划。
依陈新甲的计划，洪承畴应分兵3路：一出塔山，趋大胜堡，攻敌营之西北；一出杏山，抄锦州攻其北；一出松山，渡小凌河，攻敌营之东。
而正兵主力则出松山，攻敌营之南。
洪承畴自然不肯依此进兵。
原因很简单：一是手下诸将除白广恩、马科、吴三桂外，其余各路都不能独当一面，分兵必然势弱；二是锦州城内城外尚能且战且守，短期内尚无大虞，而清兵却已有粮草短乏之困，如长期拖下去，则必不能支持。